0

我用glmnet安装了一个 cox 模型，例如：

fitL <- glmnet(
  X,
  Y,
  family = "cox",
  alpha = 1,
  lambda = cvL$lambda.min, #cvL obteined with cv.glmnet
  standardize = FALSE,
  thresh = thresh
)

我获得了：

str(coef(fitL) != 0)
Formal class 'lgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:24] 0 76 81 96 125 149 213 266 277 415 ...
  ..@ p       : int [1:2] 0 24
  ..@ Dim     : int [1:2] 1000 1
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:1000] "001" "002" "003" "004" ...
  .. ..$ : chr "s0"
  ..@ x       : logi [1:24] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE ...
  ..@ factors : list()

我想提取非零系数（即选定的变量），我使用了“which”，我遇到了这个错误：

> which (coef (fitL)! = 0)

base :: which (x, arr.ind, useNames, ...) 中的错误：“which”参数必须是逻辑类型

我还使用了这里提出的包extract.coef的功能。我有这个错误：coefplot

> library (coefplot)
> coefplot :: extract.coef (fitL)

UseMethod 中的错误（通用 =“extract.coef”，对象 = 模型）：没有适用于“c（'coxnet'，'glmnet'）”类对象的“extract.coef”方法

4

2 回答 2

2

predict与参数一起使用type="nonzero"。

于 2019-09-27T08:49:31.643 回答
0

该对象(coef(fitL) != 0)具有类lgCMatrix。尝试使用as.vector

于 2019-09-27T08:55:47.033 回答