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我正在尝试基于docker://python:3.7-buster.

在该%post部分中，当我运行/usr/bin/env python3不同版本的 python 时，与我singularity exec使用相同的东西时不同。

这是我的测试定义文件：

$ cat test.def 
Bootstrap:docker
From:python:3.7-buster

%post
        /usr/bin/env python3 --version

这是我尝试构建它时发生的情况：

$ sudo singularity build test.sif test.def 
INFO:    Starting build...
Getting image source signatures
Skipping fetch of repeat blob sha256:4a56a430b2bac33260d6449e162017e2b23076c6411a17b46db67f5b84dde2bd
Skipping fetch of repeat blob sha256:4b5cacb629f5c5323a32103e665756e5d50fe133b3db72d444f370566b713a6a
Skipping fetch of repeat blob sha256:14408c8d4f9a59a5da8f4cc40650be9a8d0991fa1ce1b2fb2767f289a9cc410d
Skipping fetch of repeat blob sha256:ea67eaa7dd42136287337f879ef20b4ee73baaa108d833d267ef99dd787cdcbf
Skipping fetch of repeat blob sha256:4d134ac3fe4b8dd8136d9e7acbb2708ead2154185b27c09ae62ca099070cfb27
Skipping fetch of repeat blob sha256:4c55f6f5d7f035e446f063331d9160bb00ed3da4632105ef5adedee3317c902f
Skipping fetch of repeat blob sha256:6ae475e50652d8ee1a2fdeb59ccce81d14c8c20e0fdfe94f22f1c69bd3e3befb
Skipping fetch of repeat blob sha256:6f41526442299286e270923d6cca3a516c3e1850f7e06c3facc0df7da8a5afbc
Skipping fetch of repeat blob sha256:6933d3d4604265f0c8f2a3806222749809c62b6e6a757d1f85720fa81622496d
Copying config sha256:5a5fb77dac35d62c5b062fc35b3b69e61ae68385fb4278ce6076532c3e50e316
 7.47 KiB / 7.47 KiB [======================================================] 0s
Writing manifest to image destination
Storing signatures
2019/09/16 11:07:07  info unpack layer: sha256:4a56a430b2bac33260d6449e162017e2b23076c6411a17b46db67f5b84dde2bd
2019/09/16 11:07:09  info unpack layer: sha256:4b5cacb629f5c5323a32103e665756e5d50fe133b3db72d444f370566b713a6a
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2019/09/16 11:07:18  info unpack layer: sha256:4c55f6f5d7f035e446f063331d9160bb00ed3da4632105ef5adedee3317c902f
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2019/09/16 11:07:19  info unpack layer: sha256:6933d3d4604265f0c8f2a3806222749809c62b6e6a757d1f85720fa81622496d
INFO:    Running post scriptlet
+ /usr/bin/env python3 --version
Python 3.7.3
INFO:    Creating SIF file...
INFO:    Build complete: test.sif

使用系统版本而不是 docker 映像提供的版本，这与我exec使用相同命令时发生的情况形成对比：

$ singularity exec docker://python:3.7-buster /usr/bin/env python3 --version
Python 3.7.4

怎么了？

我尝试使用$(which python3)代替/usr/bin/env python3，并且在该部分中它仍然是相同的版本%post（使用singularity exec，它是使用的主机系统版本）。

我的目标实际上是能够安装一些我从 git 存储库中提取的个人 python 包，并使用运行的安装脚本进行安装/usr/bin/env python3 -m pip install -e .

我注意到有一个问题，因为 python 3 的系统版本没有包含pip.

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2 回答 2

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由于环境不同，您将获得不同版本的 python。

如果您添加echo $PATH，%post您将获得：/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin

如果你跑步singularity exec docker://python:3.7-buster bash -c 'echo $PATH'，你会得到：/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin

/usr/local/bin/python3是 docker 容器为您编译的较新版本，并且PATHin%post优先/usr/bin于/usr/local/bin. 您可以调整块PATH开头的变量%post以解决问题。

至于为什么它在PATH那里使用不同的，我不确定。可能值得在github repo提出问题。

于 2019-09-16T14:00:58.563 回答
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我觉得这里发生了很多事情。您能否通过尝试检查 pip(3) 是否在其中（也可能是您只需要使用 pip3 而不是 pip）：

$ which pip
$ which pip3

不幸的是，我无法在另一部分完全帮助您：为什么 3.7.3 超过 3.7.4。通常你可以简单地陈述python3.7 [arg]，但这在这里没有帮助。难道是3.7.3来自其他地方？因为我不知道系统使用 2.7 中的任何其他内容。

于 2019-09-16T09:48:18.027 回答