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我生成一个 4D 复杂的 numpy 数组，例如：

numpy_array = np.tile(np.array([3, 4, 0], dtype=np.complex64), (100,100,100,1))

我想将 numpy 数组保存为 nifti 文件

我尝试使用 vtk 和 SimpleITK，但它们都不支持复数（只有实数向量）似乎只有 nibabel 支持复数向量，我设法保存文件，但我只能用 nibabel 加载它，当我尝试使用 ITK-SNAP 或 Slicer 加载它时，它不会打开。我知道 ITK-SNAP 可以打开 nifti 文件的复杂向量，因为我已经使用 matlab 将这些文件与另一个脚本一起保存

import numpy as np
import nibabel as nib
import SimpleITK as sitk
import vtk
from vtk.util.numpy_support import numpy_to_vtk

numpy_array = np.tile(np.array([3, 4, 0], dtype=np.complex64), (100,100,100,1))

nibabel 保存尝试：

image = nib.Nifti2Image(numpy_array, affine=np.eye(4))
nib.save(image , r'file_name.nii')

SimpleITK 保存尝试：

image = sitk.GetImageFromArray(numpy_array)
sitk.writeimage(image, r'file_name.nii')

vtk 保存尝试：

array = np.concatenate((np.real(numpy_array), np.imag(numpy_array)), axis=3)
stacked_array = array.reshape(-1, array.shape[-1])
vtk_array = numpy_to_vtk(stacked_array, deep=True,                 
array_type=vtk.VTK_FLOAT)
vtk_image = vtk.vtkImageData()
vtk_image.SetDimensions(numpy_array.shape[0], numpy_array.shape[1], 
numpy_array.shape[2])
vtk_image.GetPointData().SetScalars(vtk_array)
writer = vtk.vtkNIFTIImageWriter()
writer.SetFileName(file_name)
writer.SetInputData(vtk_image)
writer.Write()

尼巴​​贝尔输出：

nibabel 创建一个带有矢量的 nifti 文件，但使用其他程序（如 ITK-SNAP）它不会打开

ITK-SNAP 错误：

Error: Unsupported or missing image file format. ITK-SNAP failed to create an 
ImageIO object for the image 'file_name.nii' using format ''.

SimpleITK 错误：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\SimpleITK\SimpleITK.py", line 3366, in _get_sitk_vector_pixelid
    return _np_sitk[numpy_array_type.dtype]
KeyError: dtype('complex64')
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
  File "<input>", line 1, in <module>
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\SimpleITK\SimpleITK.py", line 3431, in GetImageFromArray
    id = _get_sitk_vector_pixelid( z )
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\SimpleITK\SimpleITK.py", line 3371, in _get_sitk_vector_pixelid
raise TypeError('dtype: {0} is not supported.'.format(numpy_array_type.dtype))
TypeError: dtype: complex64 is not supported.

vtk 输出：

vtk 创建了一个矢量 nifti 文件，但有 6 个组件而不是 3 个（也将虚部视为组件），我在 numpy_to_vtk 的文档中看到它不支持 coplex 数组，也许有人知道解决方法。

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SimpleITK 1.2 版本支持编写 4D 复杂图像。缺少的功能是对复数 in 的支持stk.GetImageFromArray，但它已经添加到开发分支中，如果您是当前 SimpleITK 主分支的编译版本或等待 2019 年 10 月发布的 1.3 版本，您的代码就可以工作。

同时，您可以像这样单独将复数组件转换为 SimpleITK：

image = sitk.RealAndImaginaryToComplexImageFilter(sitk.GetImageFromArray(numpy_array.real), 
                                                  sitk.GetImageFromArray(numpy_array.imag)) 
sitk.WriteImage(image, r'file_name.nii')
于 2019-09-12T14:56:38.683 回答