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我需要安装 2019 年之前发布的 rdkit 库版本,当时对 Python 2 的支持已被删除。这是使用此库所必需的:https ://github.com/brain-research/deep-molecular-massspec

我已经从 git 页面下载了库,例如。https://github.com/rdkit/rdkit/releases/tag/Release_2018_09_1,并尝试使用 pip 从那里安装。

sudo pip install rdkit-Release_2018_09_1b1.tar.gz

我收到以下错误:

处理 ./rdkit-Release_2018_09_1b1.tar.gz 命令 python setup.py egg_info 的完整输出:Traceback(最近一次调用最后一次):文件“”,第 1 行,在 IOError:[Errno 2] 没有这样的文件或目录:'/ tmp/pip-ohIcaj-build/setup.py'

---------------------------------------- Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-ohIcaj-build

我也尝试过使用 pip 安装特定版本:

sudo pip install rdkit==2018.09.01

这使:

收集 rdkit==2018.09.01 找不到满足要求的版本 rdkit==2018.09.01 (来自版本:)没有找到rdkit==2018.09.01的匹配分发

有人可以告诉我该怎么做吗?

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@paisanco 是正确的,尝试使用 pip 安装 rdkit 将不起作用。安装 rdkit 的最简单方法是使用Anaconda,除非您想从source构建。

如果你安装了 Anaconda,你可以创建一个 python 2.7 虚拟环境:

conda create --name test-env python=2.7

然后您可以激活它:

conda activate test-env

然后安装您需要的 rdkit 版本:

conda install -c rdkit rdkit=2018.09.1

使用 Python:

import rdkit
print rdkit.__version__
[Out]: '2018.09.1'
于 2019-08-19T14:11:04.623 回答
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conda create -n my_env python=3.7
conda activate my_env
conda install numpy matplotlib 
conda install cmake cairo pillow eigen pkg-config
conda install boost-cpp boost py-boost

并下载 rdkit 包https://anaconda.org/rdkit/rdkit/files

# finally
conda install rdkit-2020.09.1b1.0-py37hd50e099_1.tar.bz2 
于 2020-10-17T14:14:40.680 回答
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根据该站点,问题在于您下载的内容是包含该库源代码的 tar 存档,而不是 pip 包。

所以尝试使用 pip 安装它是行不通的。

RDKit 项目主页提供了其他选项,用于安装 1) 从 Anaconda conda 虚拟环境 2) 从 Windows、Linux 和 Mac 的源代码(您下载的内容)。

这些说明在RDKit 安装说明中

于 2019-08-17T22:18:03.487 回答