r - ESet 的子集/除 ESet

Question

是否可以像这样对 ExpressionSet 进行子集化：

SUB=ESet[,ESet@phenoData@data$x==c(0,1)]

X 中的值是 0-9，我只想要 x=0 或 x=1 时的条目。

Answer 1

尝试以下操作：

SUB=ESet[, ESet$x %in% c(0,1)]

乍一看，和之间的区别==似乎%in%很微妙。

x <- 0:9

x[x==c(0, 1)]
[1] 0 1

> x[x %in% c(0, 1)]
[1] 0 1

但%in%永远不会回来NA，这可能是有用的，甚至是必不可少的，这取决于你想做什么。在以下构造示例中，==返回NA, while%in%返回预期结果：

x <- c(NA, 0:9)

x[x==c(0, 1)]
[1] NA

x[x %in% c(0, 1)]
[1] 0 1

但区别远不止于此。从帮助文件？==很明显，当在长度不等的向量之间进行二进制比较时，较短向量的元素会根据需要循环使用。

试试下面的例子：

x <- 0:9
x[x==c(1, 2)]
integer(0)

这会导致一个空向量。如果你循环使用向量 c(1, 2)，很快就会明白为什么：

x:       0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
c(1, 2): 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2
'==':    F F F F F F F F F F