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我目前正在开发一个使用 VisNetwork 框架生成网络图的 R/Shiny 应用程序。我的同事需要我将生成的图导出到 Gephi。我已经查看了所有可能的选项，但没有一个是理想的。将 VisNetwork 图导出到 Gephi 的最佳方法是什么？

节点颜色、线宽、背景颜色……都无所谓——事实上，一般的审美并不重要。我们要做的是简单地将数据导出到 Gephi。一旦我们将这些数据加载到 Gephi 中，我们应该会得到一个类似的图，尽管有不同的美感。

现在，有不同的选项可以将文件加载到 Gephi 中。当我们查看Gephi 的文档时，我们可以看到最佳格式是GEFX（具有边缘权重、层次结构和 XML 结构）或CSV（具有边缘列表/矩阵结构）。

但是，VisNetwork 不允许导出到这些格式。

Gephi 可以导出一个 JSon 文件，然后可以使用 VisNetwork 打开该文件 - 但似乎相反是不可能的。确实，VisNetwork 有这个功能visNetwork(gephi = 'network.json')，但它似乎不允许导出 json 文件，只允许导入。

VisNetwork 也提供了一个visExport()功能，但它只允许用户导出图像（png/jpg/pdf）。

这是一个非常简单的 VisNetwork 图作为最小可重现示例：

nodes <- data.frame(id = 1:10, label = paste("Label", 1:10), 
   group = sample(c("A", "B"), 10, replace = TRUE))

edges <- data.frame(from = c(2,5,10), to = c(1,2,10))
network <- visNetwork(nodes, edges, height = "400px", width = "100%") 

visNetwork(gephi = 'network.json') #does not work

最后，我可能不得不编写一个将图形数据写入文本文件的函数。在您看来，最好的方法是什么？我应该特权特定格式吗？

谢谢你。

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我知道这有点晚了，但无论如何我都会尽力提供帮助。Gephi 可以很好地从 CSV 文件中读取交互。所以：

R

您的示例几乎可以，只是边缘列名称略有变化：

nodes <- data.frame(id = 1:10, label = paste("Label", 1:10), 
   group = sample(c("A", "B"), 10, replace = TRUE))

edges <- data.frame(from = c(2,5,10), to = c(1,2,10))
colnames(edges)<-c('source', 'target')

然后你应该导出为 CSV：

write.csv(edges,'edges.csv')
write.csv(nodes,'nodes.csv')

格菲

然后，我们去 gephi 并且：

文件 -> 导入电子表格

请注意：

  1. 您必须一次导入一个文件的边和节点
  2. 您必须将两个 csv 文件导入同一个“工作区”，否则您将有两个不同的图形（空边和空节点）
于 2020-08-22T01:54:13.717 回答
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Soo 几天后，我没有答案，于是又深入研究了它。事实上，没有办法将数据从 VisNetwork 图直接导出到 Gephi。我发现最有效的方法是硬写入 GEXF 文件。这有点乏味，但您的数据将毫无顾虑地加载到 Gephi 中。

于 2019-07-11T09:03:37.390 回答