我正在寻找有关使用Snakemake处理我的 R 管道的一些基本信息。据我了解，执行此操作的两种最常见方法是使用script标志并传递R脚本，或使用shell传递给Rscript. 如果我想使用这两种方法中的任何一种，我的R脚本应该是什么样的？如果为. R_ _ _loadRDataread.tableinput
另一个问题是关于集群提交/多线程。Snakemake据称将把任务提交到多个节点并自动使用多个核心，无需修改代码。那么让一个规则使用cluster和/或cores调用R脚本来执行整个管道或将管道分成多个规则/步骤并使用cluster和/或cores在该规则上会更好吗？
最后一个问题是，如果我的代码在代码本身中R使用并行/多线程包怎么办？mclapply这如何影响Snakemake及其参数？
无法在线找到这些问题的答案，因此任何信息将不胜感激。
我遇到了与问题 1 中所述类似的问题。这就是有关在蛇形管道中使用 R 脚本的所有蛇形程序
在 R 脚本中，可以使用与上述 Python 案例类似的名为 snakemake 的 S4 对象，并允许访问输入和输出文件以及其他参数。这里的语法遵循具有 R 列表属性的 S4 类的语法，例如，我们可以使用 snakemake@input[[1]] 访问第一个输入文件（请注意，第一个文件在这里没有索引 0，因为 R 开始计数1）。命名的输入和输出文件可以以相同的方式访问，只需提供名称而不是索引，例如snakemake@input[["myfile"]]。
我按照说明以这种方式制作了我的 R 脚本的第一行：
avinp = read.table(snakemake@input[["avi"]], header= FALSE, sep = "\t")
anno = read.table(snakemake@input[["anno"]], header = TRUE, sep= "\t")
avi并且anno是snakemake规则输入。您可以为您的输出/输出做同样的事情。