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我一直在尝试将用 laspy 读取的点云的点列表附加到另一个点列表中,基本上是合并两个点云。合并多个点云时,我一直将所有点附加到同一个 np.ndarray 以便将其保存回一个 laspy 文件。现在,只要我要合并的所有点云的总大小超过 350 MB,我就会得到一个MemoryError.

我尝试使用不同的方法来编写点云文件,这样我就不必一次将所有点读入内存,但是失败了,因为 laspy 在编写点云文件时真的很奇怪,这里是我发现了一些事情:

  • laspy.File.points具有以下格式:
array([((24315,  12245, 12080, 0, 24, 0, 0, 0, 202, 23205, 24735, 21930),),
       ...,
       ((15155, -23292, -6913, 0, 56, 0, 0, 0, 343, 36975, 37230, 37485),)],
      dtype=[('point', [('X', '<i4'), ('Y', '<i4'), ('Z', '<i4'), ('intensity', '<u2'), ('flag_byte', 'u1'), ('raw_classification', 'u1'), ('scan_angle_rank', 'i1'), ('user_data', 'u1'), ('pt_src_id', '<u2'), ('red', '<u2'), ('green', '<u2'), ('blue', '<u2')])])
  • 的变量类型laspy.File.pointsnumpy.ndarray
  • 的形状laspy.File.points(<numberOfRows>,)=> 一维数组,即使它每行有 12 个值(?)
  • 行具有类型numpy.void
  • 为了编写一个laspy.File您需要在写入模式下创建一个新文件,从现有文件复制标题并将 File.points 设置为与上述类型完全相同的 numpy 数组。设置点一次后,不能再设置,也就是说设置点时需要知道最终的行数。
  • 可以使用laspy.File.set_x(<arrayOfXValues>)(和类似方法)更改行的值,长度必须与laspy.File.points

现在我的电脑有 16 GB RAM,当我开始合并时,其中大约 10 GB 是空闲的。使用psutils我得到我的已可用内存,而且我永远不会低于 9 GB 的可用内存。使用psutil.Process(os.getpid()).memory_info().rss我得到这个进程的已用内存,它永远不会超过 650 MB。

合并时,我读取第一个文件,然后遍历其他文件,逐个读取它们并调用numpy.append(combinedPoints, otherPointcloudPoints)将所有点堆叠在一起。然而,MemoryError当上面列出的条件为真时,这会抛出一个 。

这是将多个点云合并到一个新点云的代码(这一切都发生在一个类PointCloudFileIO中,self.file是一个实例laspy.File)。util.inMB计算从字节到兆字节的大小。

    def mergePointClouds(self, listPaths, newPath):
        realSize = util.inMB(psutil.Process(os.getpid()).memory_info().rss)
        print("Process Memory used at start: {:.2f}MB".format(realSize))
        print("Available memory at start: {:.2f}MB".format(util.inMB(psutil.virtual_memory().available)))

        pointsOwn = self.file.points
        firstOtherReader = PointCloudFileIO(listPaths[0])
        pointsCombined = np.append(pointsOwn, firstOtherReader.file.points)

        realSize = util.inMB(psutil.Process(os.getpid()).memory_info().rss)
        print("Process Memory used after first merge: {:.2f}MB".format(realSize))
        print("Available memory after first merge: {:.2f}MB".format(util.inMB(psutil.virtual_memory().available)))

        for i in range(1, len(listPaths)):
            otherReader = PointCloudFileIO(listPaths[i])
            otherPoints = otherReader.file.points

            pointsCombined = np.append(pointsCombined, otherPoints)

            realSize = util.inMB(psutil.Process(os.getpid()).memory_info().rss)
            print("Process Memory used in loop: {:.2f}MB".format(realSize))
            print("Available memory in loop: {:.2f}MB | Used: {:.2f}MB | Percent: {}%".format(util.inMB(psutil.virtual_memory().available), util.inMB(psutil.virtual_memory().used), psutil.virtual_memory().percent))

        outFile = File(newPath, mode='w', header=self.file.header)
        outFile.points = pointsCombined
        outFile.close()

对于我拥有的几乎所有用例,这都很好。它将所有提供的点云合并到新文件中的新点云中。然而,当生成的点云有点太大时,尽管内存比需要的多,我得到一个MemoryError.

这是我使用这些点云启动程序时的日志(下载 .laz 文件),您需要先使用 laszip 解压缩 .laz 文件,然后它们才能与 laspy 一起使用(至少在使用 Windows 时):

Process Memory used at start: 21.18MB
Available memory at start: 9793.35MB | Used: 6549.50MB | Percent: 40.1%
Process Memory used after first merge: 381.63MB
Available memory after first merge: 9497.64MB | Used: 6845.20MB | Percent: 41.9%
Process Memory used in loop: 559.52MB
Available memory in loop: 9309.36MB | Used: 7033.48MB | Percent: 43.0%
Process Memory used in loop: 637.05MB
Available memory in loop: 9301.00MB | Used: 7041.85MB | Percent: 43.1%
Traceback (most recent call last):
  File "optimization_test.py", line 7, in <module>
    f1.mergePointClouds(paths, "someShiet.las")
  File "C:\Users\viddie\Desktop\git\GeoLeo\geoleo\pointcloud.py", line 175, in mergePointClouds
    pointsCombined = np.append(pointsCombined, otherPoints)
  File "C:\Users\viddie\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\lib\site-packages\numpy\lib\function_base.py", line 5166, in append
    return concatenate((arr, values), axis=axis)
MemoryError

如果有人知道造成这种情况的原因,我们将不胜感激。

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1 回答 1

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万一该操作实际上不适合内存,您可以将一些硬盘驱动器专用于内存。

对于 Windows

或者你可以在Ubuntu上使用交换空间。

也许从那开始,直到您弄清楚如何减少内存消耗。或者至少这可以通过确保您确实有足够的内存来帮助您进行故障排除。

于 2019-06-19T02:47:16.323 回答