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我有关于微藻在光照条件下的光合作用活动的数据。PAR：是不同的光照，（x，自变量） ETR：是光合活性（y，因变量）。

PAR ETR
1   0.409090909
46  18.81818182
126 51.54545455
234 93.6
404 173.1428571
656 246
816 272

我能够为样本绘制点并获得曲线。但我想使用以下公式将这些点拟合到特定的非线性模型：ETR= PAR/((a PAR^2)+(b PAR)+c) 我使用 Nls 函数作为使用的镶嵌包的一部分nls函数如代码所示：

TABLE=read.table("sample 2.txt", header = TRUE)
TABLE
plotPoints(ETR~PAR, data= TABLE)
f<-fitModel(ETR ~ PAR/((a*PAR^2)+(b*PAR)+c),data = TABLE, start = list(a=0, b=0.004, c=1))
coef(f)
plotFun(f, add=TRUE)

我的结果：

> TABLE=read.table("sample 2.txt", header = TRUE)
> TABLE
  PAR         ETR
1   1   0.4090909
2  46  18.8181818
3 126  51.5454546
4 234  93.6000000
5 404 173.1428571
6 656 246.0000000
7 816 272.0000000
> plotPoints(ETR~PAR, data= TABLE)
> f<-fitModel(ETR ~ PAR/((a*PAR^2)+(b*PAR)+c),data = TABLE, start = list(a=0, b=0.0035, c=1))
> coef(f)
            a             b             c 
 2.921397e-06 -2.027561e-03  2.718527e+00 
> plotFun(f, add=TRUE)

问题是我不想为 coef a、b 和 c 设置负值。这是因为我需要这些系数来获得不能为负的生物因子 ETRmax= 1/b+2ac、Ek= c/b+2ac、alfa= 1/c。我还需要使用高斯牛顿最小二乘法，而不是我可以指定下限和上限的其他算法。我曾尝试使用端口算法来指定 0 的下限，但问题是 b 为 0，我不希望 b 为 0，我希望我的所有变量都大于 0。我尝试了很多东西但我无法解决这个问题。我希望你能帮助我解决这个问题，谢谢。

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1 回答 1

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用 指定下限lower = c(0, 0, 0), alg = "port"：

fitModel(ETR ~ PAR/((a*PAR^2)+(b*PAR)+c), data = TABLE, 
  start = list(a = 0, b = 0.0035, c = 1), lower = c(0, 0, 0), alg = "port")
于 2019-06-05T16:16:06.997 回答