python - 如何修复“模型不包含 SBML fbc 包信息”。

Question

我正在尝试使用 SBML 包模拟一些模型。模型似乎运行良好，但我不断收到这些警告。“模型不包含 SBML fbc 包信息。cobrapy 不支持 SBML 包“布局”，未解析信息 cobrapy 不支持 SBML 包“渲染”，未解析信息”

Answer 1

您看到的只是警告，您不使用 SBML fbc 包对基于约束的模型信息进行编码。很可能所有信息（如通量界限和目标函数）都在您的模型中，但采用传统格式（例如，COBRA 格式）。使用 fbc 将模型更新到 SBML L3 的一种可能方法是使用 cobrapy 导入和导出，即

from cobra.io import read_sbml_model, write_sbml_model
model = read_sbml_model(input_path)
write_sbml_model(model, output_path)

导出使用最新版本的 fbc。

关于包的警告只是表明相应的信息未在 cobrapy 中使用，即当前既不解析也不在 cobrapy 上下文中使用布局和渲染信息。

StackOverflow 不是 cobrapy 相关问题的最佳论坛。https://github.com/opencobra/cobrapy/issues上的最佳帖子问题以及 https://groups.google.com/forum/#!forum/cobra-pie 上的上述问题

免责声明：我是 cobrapy SBML 解析器的作者。