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我正在从这个链接 https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/Examples/ImageRegistrationMethod1/Documentation.html运行 simpleitk 的 python 示例

在 spyder anaconda 中。

我已经通过 anaconda Prompt 安装了软件包 simpleitk,system,os 。

from __future__ import print_function

import SimpleITK as sitk
import sys
import os


def command_iteration(method) :
    print("{0:3} = {1:10.5f} : {2}".format(method.GetOptimizerIteration(),
                                   method.GetMetricValue(),
                                   method.GetOptimizerPosition()))

if len ( sys.argv ) < 4:
    print( "Usage: {0} <fixedImageFilter> <movingImageFile> <outputTransformFile>".format(sys.argv[0]))
cc


fixed = sitk.ReadImage(sys.argv[1], sitk.sitkFloat32)
print(sys.argv[1])
moving = sitk.ReadImage(sys.argv[2], sitk.sitkFloat32)

R = sitk.ImageRegistrationMethod()
R.SetMetricAsMeanSquares()
R.SetOptimizerAsRegularStepGradientDescent(4.0, .01, 200 )
R.SetInitialTransform(sitk.TranslationTransform(fixed.GetDimension()))
R.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)

R.AddCommand( sitk.sitkIterationEvent, lambda: command_iteration(R) )

outTx = R.Execute(fixed, moving)

print("-------")
print(outTx)
print("Optimizer stop condition: {0}".format(R.GetOptimizerStopConditionDescription()))
print(" Iteration: {0}".format(R.GetOptimizerIteration()))
print(" Metric value: {0}".format(R.GetMetricValue()))

sitk.WriteTransform(outTx,  sys.argv[3])

if ( not "SITK_NOSHOW" in os.environ ):

    resampler = sitk.ResampleImageFilter()
    resampler.SetReferenceImage(fixed);
    resampler.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)
    resampler.SetDefaultPixelValue(100)
    resampler.SetTransform(outTx)

    out = resampler.Execute(moving)
    simg1 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(fixed), sitk.sitkUInt8)
    simg2 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(out), sitk.sitkUInt8)
    cimg = sitk.Compose(simg1, simg2, simg1//2.+simg2//2.)
    sitk.Show( cimg, "ImageRegistration1 Composition" )

在运行此代码时，它给我以下错误用法：E:/registration/simpleitk.py 发生异常，使用 %tb 查看完整的回溯。

系统退出：1

C:\Users\aBC\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\IPython\core\interactiveshell.py:3275：用户警告：要退出：使用“退出”、“退出”或 Ctrl-D。warn("要退出：使用 'exit'、'quit' 或 Ctrl-D。", stacklevel=1)

我怎样才能纠正这个错误？

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1 回答 1

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我怀疑脚本无法在调用sitk.ReadImage 时加载图像。它期望在 sys.argv[1] 变量中提供文件名。该脚本设计为在命令行上运行，固定图像文件名、运动图像文件名和作为命令行参数提供的输出变换文件名。

如果你不能在 Spyder 中提供命令行参数（我不知道；我不熟悉它），你可以在脚本中硬编码文件名。

如果您对 SimpleITK 有其他疑问，我建议您查看 ITK Discourse，discourse.itk.org。

于 2019-05-02T19:24:06.127 回答