0

我使用 pytables 创建了从一个 hdf5 文件到另一个文件的外部链接。我的问题是如何在循环中取消引用它？

例如：

让我们假设file_name = "collection.h5"，外部链接存储在哪里

我在根节点下创建了外部链接，当我遍历根节点下的节点时，我得到以下输出：

/link1 (ExternalLink) -> /files/data1.h5:/weights/Image
/link2 (ExternalLink) -> /files/data2.h5:/weights/Image

等等，

我知道要取消引用链接，可以这样做，使用以下方式使用自然命名：

f = open_file('collection.h5',mode='r')
plink1 = f.root.link1()
plink2 = f.root.link2()

但我想在for循环中执行此操作，对此有什么帮助吗？

4

2 回答 2

0

您可以使用iter_nodes()或walk_nodes(); walk_nodes是递归的，iter_nodes不是。iter_nodes()我对这个 SO 主题的回答中解释了 一个示例： cannot-retrieve-datasets-in-pytables-using-natural-naming 我发现你不能get_node()用来引用 ExternalLink。您需要以不同的方式引用。

这是一个简单的示例，它collection.h5从我的本地文件夹中的 HDF5 文件列表创建，然后循环使用iter_nodes()。for请注意，这是一个非常基本的示例。它不检查节点的对象类型（Group或Leaf或ExternalLink）。它假定根级别的每个节点都是一个ExternalLink，并从该节点创建一个文件对象。还有其他 PyTables 方法和属性来检查这些情况。有关更强大（复杂）的方法，请参见下面的详细答案。

import tables as tb
import glob

h5f = tb.open_file('collection.h5',mode='w')
link_cnt = 0 
for h5name in glob.glob('./SO*.h5'):
    link_cnt += 1
    h5f.create_external_link('/', 'link'+str(link_cnt), h5name+':/')
h5f.close()

h5f = tb.open_file('collection.h5',mode='r')
for link_node in h5f.iter_nodes('/') : 
    print("``%s`` is an external link to: ``%s``" % (link_node, link_node.target))
    plink = link_node(mode='r') # returns a FILE object

h5f.close()
于 2019-03-28T14:04:59.530 回答
0

当您在任何组级别都有 ExternalLink 时，这是处理一般情况的更完整（稳健和复杂）的答案。它与上面类似，但使用它是walk_nodes()因为它在根级别有 3 个组，并且包括对 ExternalLink 类型的测试（请参阅 参考资料isinstance()）。此外，它还展示了如何使用该_v_children属性来获取节点字典。（我无法list_nodes()使用 ExternalLink。）

import tables as tb
import glob

h5f = tb.open_file('collection.h5',mode='w')
link_cnt = 0
pre_list = ['SO_53', 'SO_54', 'SO_55']
for h5f_pre in pre_list :
    h5f_pre_grp = h5f.create_group('/', h5f_pre)
    for h5name in glob.glob('./'+h5f_pre+'*.h5'):
        link_cnt += 1
        h5f.create_external_link(h5f_pre_grp, 'link_'+'%02d'%(link_cnt), h5name+':/')
h5f.close()

h5f = tb.open_file('collection.h5',mode='r')
for link_node in h5f.walk_nodes('/') : 
    if isinstance(link_node, tb.link.ExternalLink) :
        print('\nFor Node %s:' % (link_node._v_pathname) )
        print("``%s`` is an external link to: ``%s``" % (link_node, link_node.target))
        plink = link_node(mode='r') # this returns a file object for the linked file
        linked_nodes = plink._v_children
        print (linked_nodes)

h5f.close()
于 2019-03-28T19:03:03.320 回答