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我写信给你是因为我浪费了很多时间在分析典型对应分析 (CCA) 之后试图在三坐标中标记我的数据“站点”。我的数据库包括比较两个季节（季节 1 和季节 2）与水柱中的三个不同层以及 9 个生物变量和 9 个非生物变量。从 1 到 28 行对应于第一季，从 29 到 49 行对应于第二季。在每个季节，都有来自 epilimnion、metalimnion 和 hypolimnion（不同的水柱层）的样本。

我的 CCA 分析代码：

library(ggplot2)
library(vegan)
library(matrixStats)

我的标签

abioticlabel<-cbind(ab[,-(1:9)])

abioticlabel
 Code2 Code
1    Epi    1
2    Epi    1
3    Epi    1
4   Meta    2
5   Meta    2
6   Meta    2
7   Hypo    3
8    Epi    1
9    Epi    1
10   Epi    1
11  Meta    2
12  Meta    2
###……till 49 cells…

我的标签代码

label <- aggregate(abioticlabel[,-(1:10)],list(group=ab$Code2),mean)
label
# group
# 1   Epi
# 2  Hypo
# 3  Meta

CCA 代码

spe.cca<-cca(b~.,data=abiotic_data)

所以，当我想创建三元图时，我的疑问就出现了，它包括： 1. 图 A：站点的点（站点是行，n = 49 ......） 2. 图 B：变量“sp”的点。（我的变量一共是 9 个） 3. 图 C：定量解释变量的箭头

三图结果：

plot(spe.cca, display=c("sp","lc","cn"), scaling=2, xlab="CCA1 ()", ylab="CCA2 ()")

在此处输入图像描述

由于我想将三图更改为另一个更具吸引力的情节，因此我为每个情节创建了一个代码（总共 3 个）。出于这个原因，我下载了下一个包：

library(ggplot2)
library(FactoMineR)
library(factoextra)

（有了这些软件包，一开始我也遇到了一些问题，我不得不将我的 R 版本更新到 3.5.2）。

“地块 A”的步骤是：

制作绘图空间

par(mar=c(4,4,2,2))
 plot(spe.cca, scaling=2, display=c("sp","lc","cn"),type="n", 
+      xlab="CCA1", ylab="CCA2")

图 A）“站点”的点数

code5 <- scores(spe.cca, choices=1:2, scaling=2, display="lc")
points(code5, pch=1, cex=1.5)    
mycode<-scale_color_manual(labels,breaks = c("Epi", "Meta", "Hypo"),
                        values=c("white", "grey", "black"))

“mycode”是因为我对标签代码的想法是这样的：

在此处输入图像描述

结果：

在此处输入图像描述

由于我没有得到它，我尝试了几个代码，按照我附加的链接，但我没有得到任何成功， :-S 。那么，有人能告诉我我必须在哪里为我的“网站”指定我想要的代码吗？

关联

在此处输入链接描述

这是我的 R 信息会话

sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17134)
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