我有一个包含基因表达值的矩阵,并想在热图中绘制它。但是,当我使用缩放选项时,scale = "row"
热图中会出现一些空白(灰色)行。因此,pheatmap 不允许任何基于行的聚类。当我在没有缩放的情况下绘制绘图时,没有空行。
我怀疑这可能是由于某些行中的低变异和低表达,但表达式数据集中没有缺失值。
p <- pheatmap(expression_matrix,
show_rownames=F,
show_colnames = T,
clustering_distance_rows = "manhattan",
cluster_cols=F,
cluster_rows=F,
annotation_col=df,
annotation_colors = my_colors,
scale = "row")
我正在寻找为什么会发生这种情况的解释以及避免它的解决方案。
缩放前的绘图:
缩放后的绘图: