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我正在尝试在谷歌云中运行 GATK 最佳实践管道并获得以下错误

这是 gcloud 命令：

gcloud alpha genomics pipelines run \
--pipeline-file wdl_pipeline.yaml \
--regions us-central1 \
--inputs-from-file WDL=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.gatk4.0.wdl,\
WORKFLOW_INPUTS=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.hg38.inputs.json,\
WORKFLOW_OPTIONS=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.gatk4.0.options.json \
--env-vars WORKSPACE=${GATK_OUTPUT_DIR}/work,\
OUTPUTS=${GATK_OUTPUT_DIR}/output \
--logging ${GATK_OUTPUT_DIR}/logging/

错误：（gcloud.alpha.genomics.pipelines.run）无法读取文件 [wdl_pipeline.yaml]：[Errno 2] 没有这样的文件或目录：'wdl_pipeline.yaml'

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[更新] WDL Runner 存储库位置已更改。https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/gatk上的教程已更新。

[ORIGINAL] 如果您遵循https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/gatk上的教程，请确保执行第 4 步更改目录。它告诉您 wdl 文件不在您所在的目录中。

于 2019-02-06T18:15:41.047 回答