google-genomics - TCGA 和 GTEX RNA 的 TPM

Question

如何将 TCGA RNA normalized_count 转换为为 GTEx 计算的 TPM 值。目前，GTEx 上的 TPM 值远小于 TCGA 的值。

我正在查看 BigQuery 上的表是：

`isb-cgc.TCGA_hg19_data_v0.RNAseq_Gene_Expression_UNC_RSEM`

和

`isb-cgc.GTEx_v7.gene_tpm`

谢谢，埃拉兰

Answer 1

要在两个比例之间进行转换，您需要原始读取计数。对于 TCGA 数据，原始读取计数可用于表中的 hg38 数据集isb-cgc:TCGA_hg38_data_v0.RNAseq_Gene_Expression。ISB-CGC 目前正在更新 TCGA hg19 RNAseq 表以包含原始读取计数。ISB-CGC 还将为 v8 提供更新的 GTEx 表。