我目前在 R 中使用 pheatmap 从单细胞数据创建基因表达的热图。
我目前遇到的问题是我似乎无法复制其他热图生成器（例如 Morpheus）中使用的相对色标：https ://software.broadinstitute.org/morpheus/
详细地说，在 Morpheus 中，色标可以锚定到每行的最小和最大表达式值。例如，假设色标很简单c('dark_blue', 'blue', 'bright_blue', 'white', 'bright_red', 'red', 'dark_red')，我提供了一个矩阵，看起来像t(data.frame(row1=c(0, 1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 11, 12, 13, 14, 15, 16))),Morpheus 将在第一行着色 0 深蓝色和 6 深红色，而在第二行着色 10 为深蓝色和 16 为深红色. 然后颜色条代表每行的相对最小值和最大值。
请注意，这与简单地缩放数据不同，这是我在 pheatmap 中所做的。问题是，如果我有类似的东西t(data.frame(row1=c(1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 0, 0, 0, 0, 0)))，那么即使缩放数据也不允许将 6（缩放后约 1.34）着色为深红色，因为色标固定在最小值（缩放后约 -0.41）和最大值（ ~2.04 缩放后）为整个热图。
我不怀疑有一种简单的方法可以实现这一点，但我无法通过查看基本文档来弄清楚。我也明白以这种方式显示热图不会允许基因之间的任何比较，但这对我的使用来说并不是特别重要。
