python - 将索引保留在 Jaccard 距离矩阵的散点图中

Question

我有一个距离矩阵，我想将其绘制为 2D 散点图。

我通过 sklearn.manifold 找到了一种方法：

mds = MDS(n_components=2, dissimilarity='precomputed')
X_r = mds.fit(jac_sim).embedding_
plt.figure()
plt.scatter(X_r[:,0],X_r[:,1],c="red")
plt.savefig((args.Directory + "/MDS2.svg"), format = "svg")

jac_sim 是我的距离矩阵，看起来像这样：

这段代码给了我下一个情节：

我想从距离矩阵中携带列或索引的名称，以便我可以按 Indiv 编号对图中的点进行颜色编码，并能够放置标签。我试图检查 X_r 文件，但它只包含散点图的坐标，但没有原点信息。

如何按列/索引名称对其进行颜色编码？

Answer 1

如果你知道你的大小jac_sim不会改变，你总是知道 Indiv 数字在哪里，所以你可以使用不同的数据切片做两个散点图：

mds = MDS(n_components=2, dissimilarity='precomputed')
X_r = mds.fit(jac_sim).embedding_
plt.figure()
plt.scatter(X_r[:3:,0],X_r[:3:,1],c="red")
plt.scatter(X_r[3::,0],X_r[3::,1],c="blue")
plt.savefig((args.Directory + "/MDS2.svg"), format = "svg")