r - 在 pheatmap 中使用 display_numbers 函数时隐藏 NA 值

Question

我正在按pheatmapr 中的包绘制热图。

我应用该display_numbers函数将矩阵中的值显示到热图中，我得到了：

热图

我的矩阵中有这么多 NA，我想将它们隐藏在热图中，我该怎么做？

Answer 1

首先，如果您要提供可重现且最少的样本数据，人们会更容易帮助您。请考虑查看如何为未来的帖子提供最小的可重现示例/尝试。

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至于你的问题：

1. 让我们生成一些示例数据

   set.seed(2018)
   mat <- matrix(runif(20), 4, 5)
   

   我们使用第二个矩阵通过 的参数显示display_numbers值pheatmap。这里我们简单地复制原始矩阵并随机生成一些NA值：

   mat2 <- mat
   mat2[mat2 < 0.5] <- NA
   

2. 我们现在NA用空字符串替换值。

   mat2[is.na(mat2)] <- ""
   

3. 让我们显示热图

   pheatmap(mat, display_numbers = mat2)