r - 如何在 for 循环中索引 R 对象？

Question

我正在尝试使用 for 循环来简化以下代码：

a1 <- CreateSeuratObject (raw.data = a1.data)
a2 <- CreateSeuratObject (raw.data = a2.data)
a3 <- ...

我尝试了以下方法：

samples <- c("a1", "a2", "a3")
samples.data <- c("a1.data", "a2.data", "a3.data")
for (i in samples) {
  for (j in samples.data) {
    i <- CreateSeuratObject(raw.data = j)    
  }
}

但它返回以下错误：

Error in base::colSums(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : 
 'x' must be an array of at least two dimensions

CreateSeuratObject 函数本质上是尝试读取 samples.data 向量，而不是索引向量中的相应项。我怎样才能解决这个问题？

Answer 1

这里有三种方法可以做你想做的事。我建议你不要使用第一种方式。

samples <- c("a1", "a2", "a3")
samples.data <- c("a1.data", "a2.data", "a3.data")

for (i in seq_along(samples)) {
    assign(samples[i], CreateSeuratObject(raw.data = samples.data[i]))
}

samples_list <- vector("list", length = length(samples))
for (i in seq_along(samples)) {
  samples_list[[i]] <- CreateSeuratObject(raw.data = samples.data[i]))
}
names(samples_list) <- samples

samples_list2 <- lapply(samples.data, CreateSeuratObject)
names(samples_list2) <- samples