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我有一些正在运行的 c++ 代码Lapacke，使用OpenBlas. 我想将此代码包含到 R 包中，并使用该Rcpp包在该函数和 R 之间传输数据。但不知何故，两人似乎并不喜欢对方。一旦我有了一个源文件#include <lapacke.h>， #include <Rcpp.h>它就不再编译了。两者分别工作正常。据我所知，有一大堆错误消息Rcpp已损坏（例如/home/Alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include/Rcpp/traits/traits.h:32:15: error: expected ‘)’ before ‘__extension__’).

我不知道为什么会这样。有没有办法同时使用两者？还是我应该做一些完全不同的事情？

这是一个给我错误的最小示例：

  1. 我使用创建了一个包

    Rcpp::Rcpp.package.skeleton("LT", example_code = FALSE)

  2. 我添加了一个.cpp文件以/src包含

    #include <lapacke.h>
#include <Rcpp.h>

int test_LAPACK(){
  return(1);
}

  3. 我添加了一个 Makvars 文件以/src包含

    PKG_CXXFLAGS = -I/opt/OpenBLAS/include
PKG_LIBS =  -L/opt/OpenBLAS/lib -lopenblas -lpthread -lgfortran
CXX_STD = CXX11

  4. 编译安装

    Rcpp::compileAttributes("LT")
devtools::install("LT")
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1 回答 1

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sudo apt install liblapacke-dev 如果我还更改了包含顺序，它实际上可以按照标准在我的系统上运行。

见证：

资源

rob:/tmp/lapacke/LT$ cat src/lt.cpp 
#include <Rcpp.h>
#include <lapacke.h>

int test_LAPACK(){
          return(1);
}
rob:/tmp/lapacke/LT$ ls src/      ## no Makevars needed
lt.cpp
rob:/tmp/lapacke/LT$

建造

rob:/tmp/lapacke/LT$ build.r 
* checking for file ‘./DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘LT’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* cleaning src
* installing the package to process help pages
* saving partial Rd database
* cleaning src
* checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
* checking for empty or unneeded directories
Removed empty directory ‘LT/R’
* building ‘LT_1.0.tar.gz’

rob:/tmp/lapacke/LT$

安装

rob:/tmp/lapacke/LT$ install.r LT_1.0.tar.gz 
* installing *source* package ‘LT’ ...
** libs
ccache g++ -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe   -march=native -c lt.cpp -o lt.o
ccache g++ -Wl,-S -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o LT.so lt.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/LT/libs
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (LT)
rob:/tmp/lapacke/LT$

跑

（在我添加一行之后// [[Rcpp::export]]，运行compileAtttributes()并重建和安装。）

rob:/tmp/lapacke/LT$ r -lLT -p -e'test_LAPACK()'
[1] 1
rob:/tmp/lapacke/LT$

概括

检查你的编译器。没有根本原因这不应该工作，它在这里工作（Ubuntu 18.04）。

于 2018-11-10T17:01:24.027 回答