r - 如何在 eBayes 函数中定义自由度

Question

我正在使用 Bioconductorlimma包。eBayes我想为微阵列分析定义函数的自由度。如何更改其中的默认自由度？请看下面的代码：

fit2 <- eBayes(fit2, 0.01)

Answer 1

然而，建模后改变自由度的原因尚不清楚，因为自由度表征了输入数据中变量和观察值的数量。您可以更改对象的自由度MArrayLM，这是eBayes函数的参数。请看下面的代码：

# source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# biocLite("limma", suppressUpdates = TRUE)

library(limma)
set.seed(123)
sigma2 <- 0.05 / rchisq(100, df = 10) * 10
y <- matrix(rnorm(100 * 6, sd = sqrt(sigma2)), 100, 6)
design <- cbind(Intercept=1, Group=c(0, 0, 0, 1, 1, 1))
y[1, 4:6] <- y[1, 4:6] + 1
fit <- lmFit(y, design)

fit$df.residual
# [1] 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
# [63] 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4

fit$df.residual <- rep(3, 100)

#  Moderated t-statistic
fit <- eBayes(fit, .01)