r - R如何可视化成对对齐

Question

如何可视化两个序列的完全对齐？

library(Biostrings)
s1 <-DNAString("ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAGAAGACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAG")
s2 <-DNAString("GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC")
pairwiseAlignment(s1,s2)

输出：

Global PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 1)
pattern: [1] ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGT--TTTCAC---...CTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTG-ATCAAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAG 
subject: [1] GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAAT-ATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTA...TATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC 
score: -394.7115 

在这里，只显示了对齐的一部分？你知道任何绘制或打印对齐的现有函数吗？

Answer 1

您可以在 下找到有关如何提取对齐模式和主题序列的信息和详细信息?pairwiseAlignments。

以下是基于您提供的示例数据的示例：

1. 将成对对齐存储在PairwiseAlignmentsSingleSubject对象中

   alg <- pairwiseAlignment(s1,s2)
   

2. 提取对齐的模式和主题序列并将它们合并到一个DNAStringSet对象中。

   seq <- c(alignedPattern(alg), alignedSubject(alg))
   

3. 您可以访问完整的序列as.character

   as.character(seq)
   [1] "ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGT--TTTCAC--------TTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATC---AAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAGAAGACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTG-ATCAAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAG"
   [2] "GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAAT-ATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAA-ATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC"
   

   似乎是最近才alignedPattern添加alignedSubject的。Biostrings或者你可以做

   seq <- c(aligned(pattern(alg)), aligned(subject(alg)))
   

   但请注意，这将修剪全局对齐的序列（请参阅详细信息）。

4. 有一个不错的 R/Bioconductor 包DECIPHER，它提供了一种XStringSet在 Web 浏览器中可视化数据的方法。它会自动在底部添加颜色编码和共有序列。在你的情况下，你会做

   library(DECIPHER)
   BrowseSeqs(seq)