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我正在尝试使用 ggpubr 包中的 ggscatter 函数在 R 中绘制散点图。我正在向您展示我的 data.frame 的一个子集

tracking_id gene_short_name B1  B2  C1  C2
ENSG00000000003.14  TSPAN6  1.2 1.16    1.22    1.26
ENSG00000000419.12  DPM1    1.87    1.87    1.68    1.83
ENSG00000000457.13  SCYL3   0.59    0.63    0.82    0.69
ENSG00000000460.16  C1orf112    0.87    0.99    0.97    0.83
ENSG00000001036.13  FUCA2   1.59    1.59    1.4 1.39
ENSG00000001084.10  GCLC    1.43    1.55    1.46    1.32
ENSG00000001167.14  NFYA    1.2 1.3 1.39    1.21
ENSG00000001460.17  STPG1   0.43    0.46    0.34    0.76
ENSG00000001461.16  NIPAL3  0.72    0.84    0.78    0.74

我想在 B1 vs B1、B1 vs B2、B1 vs C1、B2 vs C2 之间制作散点图。

我使用了以下命令

df <- read.table(file="transformation.txt",header= TRUE,sep = "\t")
lapply(3:6,  function(X) ggscatter(df, x = "B1", y = colnames(df[X]), add = "reg.line", conf.int = TRUE, 
  cor.coef = TRUE, cor.method = "pearson",add.params = list(color="blue")))

我得到单独的 4 个地块。我想在 1 个地块中拥有所有 4 个地块。我怎样才能做到这一点？

谢谢

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1 回答 1

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你的意思可能是这样的吗？

library(GGally)
ggpairs(df[, -(1:2)])

在此处输入图像描述

GGally是一个非常好的 R 包，为其绘图程序提供了许多自定义选项。

样本数据

df <- read.table(text =
    "tracking_id gene_short_name B1  B2  C1  C2
ENSG00000000003.14  TSPAN6  1.2 1.16    1.22    1.26
ENSG00000000419.12  DPM1    1.87    1.87    1.68    1.83
ENSG00000000457.13  SCYL3   0.59    0.63    0.82    0.69
ENSG00000000460.16  C1orf112    0.87    0.99    0.97    0.83
ENSG00000001036.13  FUCA2   1.59    1.59    1.4 1.39
ENSG00000001084.10  GCLC    1.43    1.55    1.46    1.32
ENSG00000001167.14  NFYA    1.2 1.3 1.39    1.21
ENSG00000001460.17  STPG1   0.43    0.46    0.34    0.76
ENSG00000001461.16  NIPAL3  0.72    0.84    0.78    0.74", header = T)
于 2018-08-22T21:54:15.030 回答