output - rstan 如何为单独的链存储后验样本？

Question

我想了解 in 的输出如何对extract后rstan验样本进行排序。我知道我可以通过使用查看每个链的后验样本as.array，

stanfit <- sampling(
  model,
  data = stan.data)

fitarray <- as.array(stanfit)

例如，fitarray[, 2, 1]会给我第一个参数的第二个链的样本。将后验样本存储在输出中的一种方法是extract将它们连接起来。当我做，

fit <- extract(stanfit)
mean(fitarray[,2,1]) == mean(fit$ss[1001:2000])

对于几个链和参数，我总是得到TRUE（ss是第一个参数）。这使得后验样本似乎被连接到fit. 然而，当我这样做时，

fitarray[,2,1] == fit$ss[1001:2000]

我明白FALSE了（确认不仅仅是精度差异）。似乎fitarray并且fit以不同的方式存储迭代。如何分别查看每个后验样本链的迭代（按顺序）？

score 1 · Accepted Answer

可以看出rstan:::as.array.stanfit，该as.array方法本质上定义为

extract(x, permuted = FALSE, inc_warmup = FALSE)

您的默认使用extract保持预热并随机排列预热后绘制，这就是索引与as.array输出不对齐的原因。

1 回答 1