我想进行方差分析以识别差异表达的基因。在寻找差异表达基因之前，我应该使用分位数归一化或中值绝对偏差来缩放数据，还是应该直接对通过 RMA 获得的数据应用方差分析？
非常感谢提前
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您可以在 RMA 之后应用 ANOVA，因为它包括背景调整、汇总和分位数归一化步骤（请参见此处）。对于非 Affy 数据，可以在 ANOVA 之前使用对数变换/分位数归一化或 Illumina 数据的 VST（方差稳定变换）/RSN（稳健样条归一化）。
正如已经指出的那样，这个问题的最佳地点是BioStar。
顺便说一句，您还希望在 RMA 之后和 ANOVA 之前对数据进行一些过滤，以去除低方差的探针集。如果您在 R 中工作，您将需要查看genefilter。
于 2011-03-02T23:12:49.130 回答
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总是，总是标准化，否则您的结果根本无法比较。使用的标准化技术很大程度上取决于您使用的微阵列技术。
要获得更深入的答案，您应该尝试Biostar Stack Exchange 站点。
于 2011-03-02T10:12:29.540 回答