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我正在尝试在ggraph.

所需图表

igraph类对象是从下面的数据框中获得的：

    edge <- data.frame(from=c(0,0,0,0,1,2,3),
                       to=c(0,1,2,3,0,0,0),
                       weight=c(1,3,1,1,3,1,1))
    node <- data.frame(id=c(0,1,2,3),
                       p=c(9,1,0,0),
                       w=c(0,2,0,0),
                       s=c(0,0,1,1),
                       size=c(9,3,1,1),
                       gr=c(0,1,1,2))

# Convert data frame into igraph class object
net <- graph_from_data_frame(d=edge,vertices=node,directed=TRUE)

但是，当我在以下脚本中绘制图形时，它会产生意想不到的边缘宽度：

意外的结果

## Set arrows
ar <- arrow(angle=30,length=unit(5,"mm"),ends="last",type="closed")
## Plot
ggraph(net,layout="graphopt") +
    ## Edges
    geom_edge_link(aes(width=weight,label=weight,
        start_cap=circle(node1.size+1,unit="native"),
        end_cap=circle(node2.size+1,unit="native")),
        angle_calc="along",force_flip=TRUE,
        label_dodge=unit(3.0,"mm"),label_push=unit(-0.4,"mm")) +
        ## Width scale
        scale_edge_width(range=c(0.2,4),breaks=c(1:10),name="Movements\nbetween zones") +
    ## Add arrows separately
    geom_edge_link(arrow=ar,aes(start_cap=circle(node1.size,unit="native"),
        end_cap=circle(node2.size,unit="native"))) +
    ## Nodes
    geom_node_circle(aes(r=size)) +
        ## Plot location id
        geom_node_label(aes(label=id),color="red",repel=TRUE,label.r=0.3,position="identity") +
        ## Plot work activity
        geom_node_text(aes(size=w),label="w",color="green",position="identity") +
        ## Plot school activity
        geom_node_text(aes(size=s),label="s",color="blue",position="identity") +
    ## Theme
    theme_graph() + coord_fixed()

有一些基本问题：

  • in 中定义的边的宽度weight与节点 ID 不对应（from/toinedge和namein node）。例如，权重3赋予数据框0->1和1->0数据框，但它出现0<->2在图表之间，
  • 即使边距由and设置，之间的边也会0<->1进入节点内部，0start_capend_cap
  • Weight除了边缘之外的标签不是集中的（它位于节点 0 附近）
  • geom_node_label由重叠节点 定义的标签
  • 节点 (w和s) 内的标签大小似乎没问题，但它们的位置不正确dodge（它们相互重叠）

第一点以外的问题都只是审美问题，但第一点是情节的致命错误。我绘制了它，igraph其中给出了节点和边缘之间的适当关系。

igraph 中的示例

## Sample in igraph
E(net)$width <- E(net)$weight
plot(net,edge.width=E(net)$weight*5,vertex.size=V(net)$size*5,vertex.label.cex=3)

我非常感谢您提出的解决上述任何问题以获得所需图表的建议。我是新手，ggraph并找到了一些获取当前图表的解决方案，但是我目前一直在努力解决上述问题。（我更喜欢使用ggraph而不是igraph精确控制它的外观）

========== 更新 ==========
大多数问题可以通过以下脚本解决，尽管这是非常手动的调整。一个最重要的关键是去除0<->0导致标签与边缘实际宽度不适当对应的循环边缘。

## Load data frames as tbl_graph class
edge <- edge %>% mutate(from=from+1,to=to+1)
net <- tbl_graph(nodes=node,edges=edge,directed=TRUE)

## Set arrows
ar <- arrow(angle=30,length=unit(5,"mm"),ends="last",type="closed")
## Plot
ggraph(net,layout="graphopt") +
    ## Edges
    geom_edge_link(aes(start_cap=circle(log(node1.size)+2,unit="native"),
                       end_cap=circle(log(node2.size)+2,unit="native"),
                       width=weight,label=weight),
        position="identity",angle_calc="along",force_flip=TRUE,
        label_dodge=unit(4.0,"mm"),label_push=unit(-0.4,"mm")) +
        ## Width scale
        scale_edge_width(range=c(0.2,4),breaks=c(1:10),name="Movements\nbetween zones") +
    ## Add arrows separately
    geom_edge_link(arrow=ar,aes(start_cap=circle(log(node1.size)+1,unit="native"),
        end_cap=circle(log(node2.size)+1,unit="native"))) +
    ## Nodes
    geom_node_circle(aes(r=log(size)+1)) +
        ## Plot location id
        geom_node_label(aes(label=id,hjust=log(size+5),vjust=log(size+5)),repel=TRUE,
                        label.padding=unit(0.8,"mm"),label.r=unit(0.0,"mm"),label.size=0.1,size=3.5) +
        ## Plot work activity
        geom_node_text(aes(size=w,hjust=log(w)+0.6),label="w",color="red",position="identity",vjust=0.4) +
        ## Plot school activity
        geom_node_text(aes(size=s,hjust=-log(s)-0.3),label="s",color="blue",position="identity",vjust=0.4) +
        ## Size scale
        scale_size(range=c(0,5),breaks=c(1:100),name="Numberof\nActivities",
                   guide=guide_legend(override.aes=list(rep("a",100)))) +
        # scale_color() +
    ## Theme
    theme_graph() + coord_fixed()

在此处输入图像描述

然而，关于图例还有两个问题：

  • 如何将重叠的“w”和“s”替换为其他字体，例如“a”（活动）？
  • 如何在所需结果中再添加一个手动图例“活动类型”？

我把它作为一个新问题发布在这里

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