2

我在 anaconda 中使用 Jupyter notebook 并尝试使用 pvclust 对我的数据执行层次聚类。我的代码:

from rpy2.robjects import r, pandas2ri
from rpy2.robjects.packages import importr
pandas2ri.activate()
base = importr("base")
pvclust = importr("pvclust")

但我得到了错误:

RRuntimeError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-51-291b18105962> in <module>()
      3 pandas2ri.activate()
      4 base = importr("base")
----> 5 pvclust = importr("pvclust")
      6 # data = robjects.DataFrame.from_csvfile(filepath + folders[0]      + '\\vcfA_filled.csv')
      7 # data

~\Anaconda3\lib\site-packages\rpy2-2.9.1-py3.6-win-amd64.egg\rpy2  \robjects\packages.py in importr(name, lib_loc, robject_translations, signature_translation, suppress_messages, on_conflict, symbol_r2python,  symbol_check_after, data)
    451     if _package_has_namespace(rname, 
    452                               _system_file(package = rname)):
--> 453         env = _get_namespace(rname)
    454         version = _get_namespace_version(rname)[0]
    455         exported_names = set(_get_namespace_exports(rname))

RRuntimeError: Error in loadNamespace(name) : there is no package called 'pvclust'

看来我需要先安装pvclust?但是我正在使用由 anaconda 启动的 jupyter notebook (python3.6),我很困惑如何预装这样的 R 包,然后从 rpy2 导入?

PS 有没有可以使用 p 值执行层次聚类的 Python 包?我所需要的只是使用一些可以引导我的数据并使用 p 值对数据进行聚类的函数。

非常感谢。

4

0 回答 0