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plot()在 R 中绘制 1 亿个左右的数据点是最有效的方法吗?我想绘制一堆这些Clifford Attractors。这是我从一个非常大的图像缩小的示例:

克利福德吸引子

是我用来绘制非常大的 8K (7680x4320) 图像的一些代码的链接。

生成 50 或 1 亿个点(使用 Rcpp)并不需要很长时间,也没有获得颜色 + 透明度的十六进制值,但实际绘图和保存到磁盘非常慢。

  • 有没有更快的方法来绘制(和保存)所有这些点?
  • R 只是这项工作的坏工具吗?
  • 你会用什么工具来绘制数十亿个点,即使你不能把它们全部放在内存中?
  • 使用 1990 年代的软件和硬件如何制作这种类型(颜色 + 透明度)的高分辨率绘图?

编辑:使用的代码

# Load packages
library(Rcpp)
library(viridis)

# output parameters
output_width = 1920 * 4
output_height = 1080 * 4
N_points = 50e6
point_alpha = 0.05 #point transperancy

# Attractor parameters
params <- c(1.886,-2.357,-0.328, 0.918)

# C++ function to rapidly generate points
cliff_rcpp <- cppFunction(
    "
    NumericMatrix cliff(int nIter, double A, double B, double C, double D) {
    NumericMatrix x(nIter, 2);
    for (int i=1; i < nIter; ++i) {
    x(i,0) = sin(A*x(i-1,1)) + C*cos(A*x(i-1,0));
    x(i,1) = sin(B*x(i-1,0)) + D*cos(B*x(i-1,1));
    }
    return x;
    }"
)

# Function for mapping a point to a colour
map2color <- function(x, pal, limits = NULL) {
    if (is.null(limits))
        limits = range(x)
    pal[findInterval(x,
                     seq(limits[1], limits[2], length.out = length(pal) + 1),
                     all.inside = TRUE)]
}

# Obtain matrix of points
cliff_points <- cliff_rcpp(N_points, params[1], params[2], params[3], params[4])

# Calculate angle between successive points
cliff_angle <- atan2(
    (cliff_points[, 1] - c(cliff_points[-1, 1], 0)),
    (cliff_points[, 2] - c(cliff_points[-1, 2], 0))
)

# Obtain colours for points
available_cols <-
    viridis(
        1024,
        alpha = point_alpha,
        begin = 0,
        end = 1,
        direction = 1
    )

cliff_cols <- map2color(
    cliff_angle,
    c(available_cols, rev(available_cols))
)


# Output image directly to disk
jpeg(
    "clifford_attractor.jpg",
    width = output_width,
    height = output_height,
    pointsize = 1,
    bg = "black",
    quality = 100

)
    plot(
        cliff_points[-1, ],
        bg = "black",
        pch = ".",
        col = cliff_cols
    )

dev.off()
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3 回答 3

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我最近发现了R 的Scattermore包,它比 R 的标准绘图函数快一个数量级。scattermoreplot()用颜色和透明度绘制 100m 点大约需要 2 分钟,而plot()大约需要半小时。

于 2021-03-30T00:21:22.717 回答
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我目前正在探索数据着色器http://www.datashader.org)。如果你愿意使用 python,这可能是一个优雅的解决方案。

于 2018-10-25T21:40:16.493 回答
0

也许 ggplo2 包中的 geom_hex() 可以是一个解决方案? https://ggplot2.tidyverse.org/reference/geom_hex.html

于 2018-07-27T09:45:37.833 回答