r - 在 PCA ggbiplot 的图例中附加离散值的计数

Question

我想提一下我用 ggbiplot 制作的 PCA 图的图例中每个离散值的计数（我使用 ggbiplot 因为它很容易绘制椭圆）。

我的代码：

# dummy dataset
df <- iris[-5]

# the labels to display in the legend
count_legend <- paste0(levels(iris$Species)," (", table(iris$Species),")")

# the PCA plot
ggbiplot(prcomp(df), obs.scale = 1, var.scale = 1, groups=iris$Species, ellipse=T, varname.size=0, var.axes=F) +
scale_fill_discrete(labels=count_legend)

该scale_fill_discrete部分通常适用于其他类型的图（例如 barplot 等），但不适用于 ggbiplot。

Answer 1

你想要这样的东西吗？

# the PCA plot
ggbiplot(prcomp(df), obs.scale = 1, var.scale = 1, groups=iris$Species, ellipse=T, varname.size=0, var.axes=F) +
scale_color_discrete(labels=count_legend)