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用于此问题的数据和库：

library(tidyverse)
library(reshape2)
library(cowplot)
data("diamonds")
temp1_m <- temp2_m <- melt(diamonds[1:3])
temp1_m[3] <- temp2_m[3] <- NULL
colnames(temp1_m) <- colnames(temp2_m) <- c('Var1', 'Var2', 'value')

我正在尝试使用该库合并两个geom_tile图。cowplot使用以下方法创建两个单独的图：

figMT <- ggplot(temp2_m, aes(Var1, Var2))+
    geom_tile(aes(fill = value), colour = 'white')+
    scale_fill_gradient(low = 'green', high = 'red', name = 'log fold change',
    guide = guide_legend(title.vjust = 1, reverse = T))+
    ggtitle('Mutant clusters')+
    scale_x_discrete(expand = c(0, 0))+
    scale_y_discrete(limits = rev(levels(temp2_m$Var2)))+
    xlab('')+
    ylab('')+
    coord_equal()+
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
    axis.text = element_text(size=12),plot.margin=grid::unit(c(0,0,0,0), "mm"))

和

figWT <- ggplot(temp1_m, aes(Var1, Var2))+
    geom_tile(aes(fill = value), colour = 'white')+
    scale_fill_gradient(low = 'green', high = 'red', name = 'log fold change',
    guide = guide_legend(title.vjust = 1, reverse = T))+
    ggtitle('WT clusters')+
    scale_x_discrete(expand = c(0, 0))+
    scale_y_discrete(limits = rev(levels(temp1_m$Var2)))+
    xlab('')+
    ylab('Cluster')+
    coord_equal()+
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
    axis.text = element_text(size=12),plot.margin=grid::unit(c(0,0,0,0), "mm"))

然后我先用cowplot以下方式制作标题：

title <- ggdraw()+
  draw_label("Heatmaps over the average fold change of the clusters", fontface='bold')

然后将标题和两个情节结合起来：

p <- plot_grid(figWT+ theme(plot.margin = unit(c(0, -10, 0, 0), "cm")),
               figMT+ theme(plot.margin = unit(c(0, 0, 0, -5.1), "cm")),
               labels=c('A', 'B'), hjust = c(-24, -.5))
plot_grid(title, p, nrow=2, rel_heights=c(0.1, 1))

在将它们靠得更近后，我减少了两个热图之间的大量空白。但它在左右边距上创建了很多我无法删除的空格。也就是说，当我保存图片时：

ggsave('ex1.pdf', scale = 2)

有什么建议么？

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通过添加coord_equal()，您将设置一个固定纵横比坐标系，这意味着您需要使最终输出文件的纵横比与底层绘图的纵横比相匹配。通过不在行中指定宽度和高度，您ggsave()基本上可以保证不会获得正确的输出。此外，如果您发现自己设置了较大的负边距，您肯定知道自己做错了什么。

在不确切知道预期输出是什么的情况下，这对我来说似乎是合理的：

p <- plot_grid(figWT, figMT, labels=c('A', 'B'))
plot_grid(title, p, nrow=2, rel_heights=c(0.1, 1))
ggsave("ex1.png", width = 8, height = 4.5, dpi = 300)

在此处输入图像描述

于 2018-05-20T16:10:56.230 回答