python - RDKit 如何从指纹更改为 Mol 或 Smiles

Question

我正在从微笑文件中聚集一些分子。我阅读它们，将它们转换为 mols，然后将它们转换为 Morgan Fingerprints，我用它来计算相似度，然后进行聚类。

但是我想将聚类结果输出到文件中。理想情况下，这是以微笑格式完成的，以便可以再次读取以进行评估。

请问这怎么做？

Answer 1

我发现的唯一方法是获取列表微笑，将它们转换为 Mols，然后转换为指纹。指纹和分子的列表具有相同的大小和顺序，因此

指纹[0] == 摩尔[0]

就它们所代表的分子而言。聚类指纹返回列表中指纹的索引，因此索引可用于从 Mol 列表中检索分子。

我不认为它是最干净的解决方案，但有效。