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我目前正在使用 U-Net ( https://arxiv.org/pdf/1505.04597.pdf ) 的修改版本来分割显微镜图像中的细胞器。由于我使用的是 Keras，因此我从https://github.com/zhixuhao/unet获取了代码。然而，在这个版本中，没有实现权重图来强制网络学习边界像素。

到目前为止我得到的结果相当不错，但是网络无法分离彼此靠近的对象。所以我想尝试利用论文中提到的权重图。我已经能够为每个标签图像生成权重图（基于给定的公式），但我无法找到如何使用这个权重图来训练我的网络，从而解决上述问题。

权重图和标签图像是否必须以某种方式组合，或者是否有一个 Keras 函数可以让我使用权重图？我是生物学家，最近才开始研究神经网络，所以我的理解仍然有限。任何帮助或建议将不胜感激。

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如果它仍然相关：我最近需要解决这个问题。您可以将以下代码粘贴到 Jupyter 笔记本中以查看其工作原理。

%matplotlib inline
import numpy as np
from skimage.io import imshow
from skimage.measure import label
from scipy.ndimage.morphology import distance_transform_edt
import numpy as np

def generate_random_circles(n = 100, d = 256):
    circles = np.random.randint(0, d, (n, 3))
    x = np.zeros((d, d), dtype=int)
    f = lambda x, y: ((x - x0)**2 + (y - y0)**2) <= (r/d*10)**2
    for x0, y0, r in circles:
        x += np.fromfunction(f, x.shape)
    x = np.clip(x, 0, 1)

    return x

def unet_weight_map(y, wc=None, w0 = 10, sigma = 5):

    """
    Generate weight maps as specified in the U-Net paper
    for boolean mask.

    "U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image Segmentation"
    https://arxiv.org/pdf/1505.04597.pdf

    Parameters
    ----------
    mask: Numpy array
        2D array of shape (image_height, image_width) representing binary mask
        of objects.
    wc: dict
        Dictionary of weight classes.
    w0: int
        Border weight parameter.
    sigma: int
        Border width parameter.

    Returns
    -------
    Numpy array
        Training weights. A 2D array of shape (image_height, image_width).
    """

    labels = label(y)
    no_labels = labels == 0
    label_ids = sorted(np.unique(labels))[1:]

    if len(label_ids) > 1:
        distances = np.zeros((y.shape[0], y.shape[1], len(label_ids)))

        for i, label_id in enumerate(label_ids):
            distances[:,:,i] = distance_transform_edt(labels != label_id)

        distances = np.sort(distances, axis=2)
        d1 = distances[:,:,0]
        d2 = distances[:,:,1]
        w = w0 * np.exp(-1/2*((d1 + d2) / sigma)**2) * no_labels
    else:
        w = np.zeros_like(y)
    if wc:
        class_weights = np.zeros_like(y)
        for k, v in wc.items():
            class_weights[y == k] = v
        w = w + class_weights
    return w

y = generate_random_circles()

wc = {
    0: 1, # background
    1: 5  # objects
}

w = unet_weight_map(y, wc)

imshow(w)
于 2018-11-06T21:05:24.153 回答
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我想你想class_weight在 Keras 中使用。如果您已经计算了类权重，这实际上很容易在您的模型中引入。

  1. 使用您的类标签及其相关权重创建一个字典。例如

    class_weight = {0: 10.9,
        1: 20.8,
        2: 1.0,
        3: 50.5}

  2. 或者创建一个长度与您的类数相同的一维 Numpy 数组。例如

    class_weight = [10.9, 20.8, 1.0, 50.5]

  3. 在您model.fit或model.fit_generator

    model.fit(x, y, batch_size=batch_size, epochs=num_epochs, verbose=1, class_weight=class_weight)

您可以在此处查看 Keras 文档以获取更多详细信息。

于 2018-05-09T14:47:15.213 回答