r - 在 ggplot/plotly 图例中显示布尔值而不是数字

Question

我正在创建一个闪亮的应用程序，它显示使用 ggplot 创建的火山图。为了增加用户交互性，我开始尝试 plotly。原始的 ggplot 是由另一个包提供的，所以我ggplotly用来将此图转换为plotly. 这可行，但是，我注意到情节将布尔值 (TRUE, FALSE) 更改为绘图图例中的数值 (1, 0)。

我必须怎么做才能像 ggplot 那样在图例中显示布尔值？

到目前为止我所做的研究只涵盖了传奇的风格，但我还没有找到这个特定问题的答案。

最小的例子

使用以下数据集，b在 x 轴和-log10(qval)y 轴上绘图，并按significant.

        target_id          qval             b significant
1     AT2G33830.2 1.703189e-167  2.256506e+00        TRUE
2     AT2G35810.2 4.202545e-107 -1.667441e+00        TRUE
3     AT2G23820.1  1.413239e-59 -6.503380e+00        TRUE
4     AT2G33830.1  1.269998e-48  2.124706e+00        TRUE
5     AT2G25964.1  2.555293e-32 -1.152527e+00        TRUE
6     AT2G26740.1  1.106960e-30  3.234900e+00        TRUE
28246 AT1G65040.6  9.998811e-01  5.752283e-05       FALSE
28247 AT1G73430.2  9.998811e-01  8.065345e-05       FALSE
28248 AT2G47020.3  9.998811e-01  7.621082e-05       FALSE
28249 AT3G62840.1  9.998811e-01  1.335211e-05       FALSE
28250 AT5G23090.3  9.998811e-01  1.447117e-04       FALSE
28251 AT5G03830.2            NA -1.856909e-01          NA

代码：

p <- ggplot(sample, aes(b, -log10(qval)))
p <- p + geom_point(aes(colour = significant))
p

显示

但是当我使用时ggplotly(p)显示以下

Answer 1

最简单的做法就是将该列转换为文本列——然后情节就不会触及它。如果您不想对数据本身这样做，您可以在绘图对象中修改它：

p <- ggplot(sample, aes(b, -log10(qval)))
p <- p + geom_point(aes(colour = significant))

p$data$significant <- as.character(p$data$significant)

ggplotly(p)

升级ggplot2

如果您通过以下方式将ggplot2版本升级到 GitHub 上的版本devtools::install_github('hadley/ggplot2')：：

ggplot2     * 2.2.1.9000 2018-05-02 Github (hadley/ggplot2@4635bbb)
plotly      * 4.7.1      2017-07-29 CRAN (R 3.4.3)    

那么就没有问题，正如@Maurits Evers 在下面描述的那样。

sample <- read.table(text = "target_id,qval,b,significant
AT2G33830.2,1.703189e-167,2.256506e+00,TRUE
AT2G35810.2,4.202545e-107,-1.667441e+00,TRUE
AT2G23820.1,1.413239e-59,-6.503380e+00,TRUE
AT2G33830.1,1.269998e-48,2.124706e+00,TRUE
AT2G25964.1,2.555293e-32,-1.152527e+00,TRUE
AT2G26740.1,1.106960e-30,3.234900e+00,TRUE
AT1G65040.6,9.998811e-01,5.752283e-05,FALSE
AT1G73430.2,9.998811e-01,8.065345e-05,FALSE
AT2G47020.3,9.998811e-01,7.621082e-05,FALSE
AT3G62840.1,9.998811e-01,1.335211e-05,FALSE
AT5G23090.3,9.998811e-01,1.447117e-04,FALSE
AT5G03830.2,NA,-1.856909e-01,NA", sep = ",", header = TRUE)
library("plotly")

p <- ggplot(sample, aes(b, -log10(qval)))
p <- p + geom_point(aes(colour = significant))
ggplotly(p)

Answer 2

我无法在以下位置重现您的问题plotly_4.7.1：

# Sample data
df <- read.table(text  =
    "        target_id          qval             b significant
1     AT2G33830.2 1.703189e-167  2.256506e+00        TRUE
2     AT2G35810.2 4.202545e-107 -1.667441e+00        TRUE
3     AT2G23820.1  1.413239e-59 -6.503380e+00        TRUE
4     AT2G33830.1  1.269998e-48  2.124706e+00        TRUE
5     AT2G25964.1  2.555293e-32 -1.152527e+00        TRUE
6     AT2G26740.1  1.106960e-30  3.234900e+00        TRUE
28246 AT1G65040.6  9.998811e-01  5.752283e-05       FALSE
28247 AT1G73430.2  9.998811e-01  8.065345e-05       FALSE
28248 AT2G47020.3  9.998811e-01  7.621082e-05       FALSE
28249 AT3G62840.1  9.998811e-01  1.335211e-05       FALSE
28250 AT5G23090.3  9.998811e-01  1.447117e-04       FALSE
28251 AT5G03830.2            NA -1.856909e-01          NA", header = T, row.names = 1)

# Plot
p <- ggplot(df, aes(b, -log10(qval)))
p <- p + geom_point(aes(colour = significant))
ggplotly(p);