考虑附加的(虚拟)样本 csv 文件,其中使用两种方法(即方法 A 和方法 B)来评估癌症患者的进展时间 (PFS)。对于每位患者,我们还有总生存期 (OS)。
从此处以 CSV 格式提供的数据
我想调查的是方法 A 或 B 的 PFS 是否能更好地预测患者的总体存活率。
我考虑了两个 Cox 模型,其中 PFS(方法 A 或 B)作为时间相关协变量(使用 coxph)包含在内,然后比较两个模型的性能,例如使用 C-index 或 Brier 分数(例如使用 pec 库)。这种方法合理吗?
不幸的是,我已经在努力正确设置所需的数据框(因为尽管相关列中的疾病进展与基础数据不对应,但通过 tmerge 生成的 methodA 或 B 列包含 NA 值):
library(survival)
df_test <- read.table(file = "https://www.dropbox.com/s/vqns04vheqt57nk/cox.csv?dl=1", header = TRUE, sep=";")
df_test_methodA<-tmerge(data1=df_test,data2=df_test,id=Patient_ID,
endpt = event(OS_time, OS_event),
methodA = tdc(Method_A_PFS_time,Method_A_PFS_event))
df_test_methodB<-tmerge(data1=df_test,data2=df_test,id=Patient_ID,
endpt = event(OS_time, OS_event),
methodB = tdc(Method_B_PFS_time,Method_B_PFS_event))
View(df_test_methodA)
View(df_test_methodB)
您的帮助和意见将不胜感激。谢谢你。