r - Mongolite 错误：无法读取 4 个字节：套接字错误或超时

Question

我试图在 mongo 数据库中查询数据库中包含的所有 id，以便我可以将列表与单独的数据框进行比较。但是，当我尝试查找出现的所有 sample_id 字段时：

错误：无法读取 4 个字节：套接字错误或超时

查找查询的示例：

library(mongolite)
mongo <- mongo(collection,url = paste0("mongodb://", user,":",pass, "@", mongo_host, ":", port,"/",db))
mongo$find(fields = '{"sample_id":1,"_id":0}')
# Error: Failed to read 4 bytes: socket error or timeout

如错误所示，这可能是由于大量数据导致的一些内部套接字超时问题。但是，在mongo 文档中，默认设置为永不超时。

socketTimeoutMS：在尝试超时之前尝试在套接字上发送或接收的时间（以毫秒为单位）。默认设置是从不超时，尽管不同的驱动程序可能会有所不同。请参阅驱动程序文档。

所以我的问题是为什么在使用mongolite时会出现这个错误？我想我已经解决了，但我欢迎任何额外的信息或输入。

Answer 1

简单的答案是，正如上面从 mongo 文档中引用的那样，“不同的驱动程序可能会有所不同”。在这种情况下，mongolite 的默认值为 5 分钟，在这个github 问题中找到，我猜它与 C 驱动程序有关。

连接的默认套接字超时为 5 分钟。这意味着如果您的 MongoDB 服务器死机或变得不可用，则需要 5 分钟才能检测到这一点。您可以通过在连接 URI 中提供 sockettimeoutms= 来更改此设置。

在 github 问题中还提到了一个解决方案，即增加sockettimeoutmsURI 中的 。在连接 URI 的末尾，您应该添加?sockettimeoutms=1200000一个选项以增加套接字超时之前的时间长度（在本例中为 20 分钟）。修改原始示例代码：

library(mongolite)
mongo <- mongo(collection,url = paste0("mongodb://", user,":",pass, "@", mongo_host, ":", port,"/",db,"?sockettimeoutms=1200000"))
mongo$find(fields = '{"sample_id":1,"_id":0}')

Answer 2

Laravel：在你的 database.php'sockettimeoutms' => '1200000'中，添加这个并享受旅程