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我的目录结构如下：

c:/Users/bob/MyPackageName
c:/Users/bob/MyPackageName/R
c:/Users/bob/MyPackageName/tests
c:/Users/bob/MyPackageName/tests/testthat

我的开发会话通常包括在包根 ( c:/Users/bob/MyPackageName) 中启动一个 R 会话，然后运行

devtools::load_all()
devtools::test()

MyPackageName/tests/testthat/mytest.R然后在和 中交替添加小位MyPackageName/R/mycode.R。

开始会话时返回

Loading MyPackageName
Error: object 'compute' not found whilst loading namespace 'MyPackageName'

我尝试：

  1. 调用显式 devtools::load_all("c:/Users/bob/MyPackageName")
  2. 搜索compute（所需的包、函数名、任何东西......）的错误实例。但一切都很好。
  3. 清除一些缓存，rm(list=ls()).
  4. devtools::load_all()从一个会话调用一个本地化的 inc:/Users/bob/MyPackageName/tests/testthat和另一个 in c:/Users/bob/MyPackageName/tests/testthat。
  5. 通过 重新生成文档devtools::document()，以免其中一些损坏出错。
  6. 删除MyPackageName/.RData和MyPackageName/.Rhistory。

但什么都没有。我仍然得到Error: object 'compute' not found whilst loading namespace 'MyPackageName'

我还能尝试什么？比如什么是pre-Devtools的“全部加载”的方法？什么是“对象'计算'”？

当我在包目录之外启动一个 R 会话时，一切都很好。因此我的 R 设置很好；这个问题是在编写 R 包的背景下进行的。

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2 回答 2

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这可能是一种解决方法。也许你可以试一试。

我在重建包时遇到了类似的错误Error: object 'compute' not found whilst ...（R 版本 3.5.0，roxygen2 版本 3.5.0）。

我最终手动删除了第一行S3method(compute,...)以NAMESPACE重建包。

于 2018-05-24T13:50:22.163 回答
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没有看到函数名称就很难判断，但这可能是一个问题，因为 ROxygen >3 现在@export用于 S3 对象和函数。因此，如果你有一个使用点的函数，例如compute.something.cool()你使用 ROxygen 的#' @export，它可能会推断它是一个 S3 对象而不是一个函数。

这在此处进行了更详细的描述，但简而言之，使用导出调用明确命名您的函数：

#' @export compute.something.cool

这种方法意味着您仍然可以使用devtools::document()来保持您的 NAMESPACE 更新，而无需手动执行。请注意，Bioconductor不允许包使用点命名约定，可能正是出于这个原因，因此将来可能值得避免这种情况。

于 2021-07-15T13:41:06.917 回答