如何将 4*4 变换矩阵M应用于一组 PDB 坐标以获得传播结构？
在将变换矩阵M连续应用于起始 PDB 坐标后，我没有得到传播结构。但是在应用第二次连续变换后返回到起始坐标；作为M^2=I. 请在下面找到矩阵。
-8.055069e-01 1.664229e-01 5.687372e-01 6.593901e+01
2.020147e-01 9.793824e-01 -4.700835e-04 -1.096723e+01
-5.570895e-01 1.145146e-01 -8.225191e-01 -3.810996e+00
0.000000e+00 0.000000e+00 0.000000e+00 1.000000e+00
我首先沿三个欧拉角进行旋转（由 3 x 3 矩阵表示，不包括第 4 行和第 4 列），然后沿 xyz 轴应用平移（分别为第 4 列的前三个条目）。
附加了受体（初始坐标）和配体（第一次转换后）数据集 [ 1 ]。而且，它们都代表具有相同3D构象的相同肽，只是它们在3D空间中的方向不同。
我想将下一个单体添加到复合物中（在配体之后），以便受体-配体对接模式进一步传播，如论文所示。根据目前的对接观察，它很可能会形成一个环形结构。
有什么办法可以摆脱我回到起始坐标而不是传播结构的当前情况？请检查文本、图像（结构传播所需模式的描述）[ 2 ]和下面给出的链接：
然后，我们使用对接旋转和平移参数连续对接每个二聚体的质心的附加副本（一次一个），正如在 Hex 程序选择的初始对接复杂配置中使用的那样，以扩展二聚体。该程序使用了对每个起始二聚体进行初步计算的三维 (3D) 转换矩阵。
