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我正在尝试读取 .zip 中的 NIFTI 文件，而无需将目录提取到根目录。更具体地说，我正在使用 ADNI 数据库，文件按 subjectID 存储在单独的 .zip 文件中。在 .zip 文件中包含与该主题相关的所有数据，我想从 .zip 中提取 NIFTI 文件（.nii.gz）而不提取文件。

目前我有以下代码片段

def openNIFTI(filename):
   return nib.load(filename).get_data()

zip_filename = filepath + str(subject_id) + '_3T_Structural_unproc.zip'
filename = str(subject_id) + '/unprocessed/3T/T1w_MPR1/' + str(subject_id) + '_3T_T1w_MPR1.nii.gz'

file = zf.extract(filename)
data = openNIFTI(file)

文件路径是 .zip 文件集合的路径。文件名是 .zip 文件中我要提取的 NIFTI 文件的路径。

（编辑）

似乎错误来自 nibabel 加载功能。然后功能检查

if not op.exists(filename):

在独立测试 os.path.exists(filename) 函数后，我发现了这一点。

os.path.exists(r'C:/Users/eee/workspace_python/Image Reconstruction/data/ADNI/MRI data/100206_3T_Structural_unproc.zip/100206/unprocessed/3T/T1w_MPR1/100206_3T_T1w_MPR1.nii.gz')

错误的

但是，此路径是从我尝试打开的文件中复制/粘贴的。在我看来，由于文件路径中的 .zip 出现错误，因为

os.path.exists(r'C:/Users/eee/workspace_python/Image Reconstruction/data/ADNI/MRI data/100206_3T_Structural_unproc.zip')

真的

还有另一种方法吗？

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1 回答 1

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请参阅接受的python 答案：Open file from zip without temporary extract it这显示了如何在不提取文件的情况下从 zipfile 中读取数据（当然，您需要足够的 RAM 来处理文件内容）。

于 2018-01-26T06:04:08.290 回答