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早上好，

我已经安装了 Neuron 7.4，它运行良好（我运行了几个神经元模型的模拟），我想用它作为 python 的解释器。

当我输入 ('$ nrngui -nopython') 时，NEURON 会启动。但是，当我键入 ('$ nrngui') 时，我收到以下错误：

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NEURON -- Release 7.4 (1370:16a7055d4a86) 2015-11-09
Duke, Yale, and the BlueBrain Project -- Copyright 1984-2015
See http://www.neuron.yale.edu/neuron/credits

ImportError: No module named site
Py_Initialize exited. PYTHONHOME probably needs to be set correctly.
Our automatic guess based on the Python shared library location:
    export PYTHONHOME=/usr/lib
did not work.
It will help to examine the output of:
nrnpyenv.sh
and set the indicated environment variables, or avoid python by adding
nopython: on
to /usr/local/nrn/share/nrn/lib/nrn.defaults (or .nrn.defaults in your $HOME directory)

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我在 Debian Jessie 8.10 (x86-64) 下运行，我的内核是 3.16.0-5-amd64。我不太关心 debian/linux/jessie 环境，因为我很习惯在 Windows 下运行。

我的最终目标是安装 LFPy 和 LFPsim。

如果你能帮助我，那就太好了！

谢谢

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你问这个问题已经一年多了。抱歉我之前没看到。你可能让神经元以某种方式工作。我把我在 Linux 操作系统上安装神经元模拟器的方法放在下面。它适用于 python 没有任何问题。

首先，这适用于我们实验室使用的神经元 7.5 版本，但请注意，神经元的开发人员有时会在不更改编号的情况下更新代码（因此称为次要修订）。下面的食谱适用于

$nrniv
NEURON -- VERSION 7.5 master (6b4c19f)

我在一年前构建的，但它可能不适用于具有不同哈希的以后的修订。

在实际安装之前，在 /usr/local 中创建一个特定于机器的目录，并将 /usr/local 中的所有目录链接到特定于机器的内部：

$sudo mkdir /usr/local/$(uname -m)
$cd /usr/local/$(uname -m)
$for i in ../bin ../lib ../lib64 ../sbin ../sbin ../share; do ln -s $i ; done

如果您没有 /usr/local/liv64 目录，请将其从 for 循环中删除并在 /usr/local/lib 目录上创建链接：ln -s ../lib lib64

如果要并行运行神经元，请安装 MPI 库。我通常使用openmpi。Neuron 还需要额外的开发人员包ncurses和readline，以及用于 GUI 的 X11 库，所以看起来像这样：

sudo apt install -y \
     libreadline-dev ncurses-dev\ #needed for neuron in general
     libx11-dev libx11-data libice-dev libxcomposite-dev\ # needed for GUI
     openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev # needed for parallelization

如果你想拥有 gui，现在你可以安装神经元和 iv 库。

最后，由于一些未知的原因，neuron 的安装程序将 python 模块放入/usr/local/lib/python目录中——除了神经元之外，其他人都不知道这个目录。为了使其可用于“常规”python，我将此目录中的所有内容复制到site-packages目录中，然后为 nrniv -python 命令创建一个链接。所有这些看起来像这样：

$cd /usr/local/lib/python && cp -a * /usr/lib/python2.7/site-packages
$cd /usr/local/lib/ && rm -fR python && ln -s /usr/lib/python2.7/site-packages python

我希望它可以帮助某人避免神经元安装问题。请与一大撮盐一起使用，因为配方是一些“实验”和反复试验的结果。使用最简单的步骤顺序可能会有更好的解决方案。我只是没有找到他们。

于 2019-03-12T18:06:35.500 回答