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我是 R 和编码的新手，所以这可能是一个非常明显的答案！

我有一个数据集，其中包含针对数千个基因探针的四个水蚤复制品的 log2 值，对应于各种基因（如图所示）。但是，对于每个重复，我想获得每个基因的平均表达。有没有办法我可以做到这一点？

RStudio 控制台截图

这是我的数据框的顶部：

s_MC13_B1_Cd.Ni    s_MC13_B2_Cd.Ni    s_MC13_B3_Cd.Ni    s_MC13_B4_Cd.Ni   
[1,] "3.32737034165695" "3.30082063716602" "3.35288781669471" 
"3.28130201442409"
[2,] "2.99677521546021" "2.97525202994054" "3.01357652548303" 
"2.98091704146676"
[3,] "3.22057255739705" "3.24001410852619" "3.19806113996704" 
"3.17850023932788"
[4,] "3.17934205285383" "3.22237873890637" "3.20299332433795" 
"3.19533925098426"
[5,] "3.20285957796094" "3.22659173854477" "3.22878128735342" 
"3.21307289097597"
[6,] "3.16945922109561" "3.1672329312015"  "3.17366131274743" 
"3.18792397254863"

[1,] "GENE:JGI_V11_100009"
[2,] "GENE:JGI_V11_100009"
[3,] "GENE:JGI_V11_100036"
[4,] "GENE:JGI_V11_100036"
[5,] "GENE:JGI_V11_100036"
[6,] "GENE:JGI_V11_100044"

基本上我想为每个基因（第 5 列）获取每列的平均值 - 例如，我想为每列获取前 2 行的平均值（GENE:JGI_V11_100009），并对第 5 列中的每个基因执行此操作

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我想我理解你想要做什么，但有了正确的数据，我会更确定。

使用dplyr包：

我们可以将 V5 列重命名为 Gene 以稍微清理数据。

然后我们要将所有以“s_MC13”开头的列更改为数字。看起来它们当前是字符串。

最后group_by是基因，summarise_at它将函数推送到mean所有列，因此您可以获得每列的平均值。

library(dplyr)

data_averages <- data %>%
    rename(Gene = V5) %>%
    mutate_at(vars(starts_with("s_MC13")), funs(as.numeric)) %>%
    group_by(Gene) %>%
    summarise_at(vars(starts_with("s_MC13")), funs(mean))
于 2018-01-18T21:32:56.310 回答