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我一直无法在 macOS High Sierra 上安装 pysam 0.13。总结一下我的两个错误：

htslib/htslib/hts.h:142:9: error: missing ',' between enumerators
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
        ^
        ,  htslib/htslib/hts.h:142:29: error: expected '= constant-expression' or end of
      enumerator definition
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
                        ^

产生 2 个错误。

错误：命令“gcc”失败，退出状态为 1

有什么想法该怎么做？

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2 回答 2

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有时软件需要修改（补丁）才能在特定操作系统上运行。或者当您安装了较旧的头文件时它不会构建。或者它需要一个不同的编译器。

由于您的系统 (macOS) 缺乏良好的本机包管理，我建议您使用具有自己的包管理器的 Python 发行版，例如anaconda。

这样的发行版有很多可用的预编译包（如 pysam）。他们可以为您节省大量时间。

于 2017-12-27T11:20:01.010 回答
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其实我解决了所以问题是htslib。解决了：

export HTSLIB_LIBRARY_DIR=/usr/local/lib
export HTSLIB_INCLUDE_DIR=/usr/local/include
pip install pysam

问题是同一目录中相互矛盾的 htslib 库。

于 2017-12-27T11:12:40.063 回答