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我尝试使用 11Aug17 的较新版本在我的部门机器上安装 lammps。但是，mpicxx 对以下行给出了错误：

mpicxx -g -O3   -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64  -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1   -I/home/shixx597/codes/kim-api-v1.7.3/lib/kim-api-v1/include  -c ../pair_list.cpp
../pair_list.cpp(88): error: expected a ";"
    const dbl3_t * _noalias const x = (dbl3_t *) atom->x[0];
                            ^

../pair_list.cpp(89): error: "restrict" has already been declared in the current scope
    dbl3_t * _noalias const f = (dbl3_t *) atom->f[0];
             ^

../pair_list.cpp(89): error: expected a ";"
    dbl3_t * _noalias const f = (dbl3_t *) atom->f[0];
                      ^

../pair_list.cpp(114): error: identifier "x" is undefined
      const double dx = x[i].x - x[j].x;
                        ^

../pair_list.cpp(160): error: identifier "f" is undefined
          f[i].x += dx*fpair;
          ^

../pair_list.cpp(166): error: identifier "f" is undefined
          f[j].x -= dx*fpair;
          ^

compilation aborted for ../pair_list.cpp (code 2)
make[1]: *** [pair_list.o] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/shixx597/codes/lammps-11Aug17/src/Obj_mpi'
make: *** [mpi] Error 2

我的同事告诉我是openmpi的问题。所以我尝试为我安装一个新的 openmpi。但是，我收到以下错误，告诉我 automake 没有像这样安装：

 cd . && /bin/sh /home/shixx597/codes/openmpi-3.0.0/config/missing automake-1.15 --foreign
/home/shixx597/codes/openmpi-3.0.0/config/missing: line 81: automake-1.15: command not found
WARNING: 'automake-1.15' is missing on your system.
         You should only need it if you modified 'Makefile.am' or
         'configure.ac' or m4 files included by 'configure.ac'.
         The 'automake' program is part of the GNU Automake package:
         <http://www.gnu.org/software/automake>
         It also requires GNU Autoconf, GNU m4 and Perl in order to run:
         <http://www.gnu.org/software/autoconf>
         <http://www.gnu.org/software/m4/>
         <http://www.perl.org/>
make: *** [Makefile.in] Error 1

When I tried to install automake-1.15, I get the following error:
CDPATH="${ZSH_VERSION+.}:" && cd . && "/home/shixx597/codes/automake-1.15/t/wrap/aclocal-1.15" 
Can't locate /home/shixx597/codes/automake-1.15/bin/aclocal in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .) at /home/shixx597/codes/automake-1.15/t/wrap/aclocal-1.15 line 29.
make: *** [aclocal.m4] Error 2

我没有任何 sudo 特权在这台奇怪的部门机器上做任何事情。

即使我尝试在部门机器上完成安装灯，我也想知道我是否可以完成大型粘合力场模型的运行。

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实际上，这是一个相当有名的问题，并且有三种解决方案。

  1. 使用 GCC 而不是 Intel 编译器（可能不需要）。
  2. 在编译时使用-restrict标志（我假设在运行 make 时附加它，比如make CXX_FLAGS=-restrict
  3. 只需从构建中删除这两个文件。

如果您真的想尝试，您还可以尝试_noalias使用 sed 或 awk 从两个有问题的文件中删除关键字：pair_list.hand pair_list.cpp，或者只是定义_noalias为空关键字，如 jww 在评论中所建议的那样。

于 2017-12-25T01:45:43.447 回答