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我需要在同一个蛇文件中运行两个规则（gatk_Mutect2和）。gatk_IndelRealigner

如果将这些规则放在不同的蛇文件中，我可以毫无错误地运行它们。

我使用两个输入函数（get_files_somatic和get_files）。两者都使用案例名称作为字典键。（每个案例都有一个正常的）。当我将这些规则放在同一个蛇文件中时，snakemake 会尝试在gatk_IndelRealigner.

我的问题是：如何管理两条规则的歧义？我的意思是我希望snakemake 不要试图将这两个规则联系起来。

def get_files_somatic(wildcards):
    case = wildcards.case
    control = aCondition[case][0]
    return ["{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(case),"{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(control)]

rule all:
    input: expand("{sample}.sorted.dup.reca.cleaned.bam",sample=create_tumor()),
           expand("Results/vcf/{case}.vcf",case=create_tumor()),

include_prefix="rules"

include:
    include_prefix + "/gatk2.rules"
include:
    include_prefix + "/mutec2.rules"


rule gatk_Mutect2:
    input: get_files_somatic,
    output: "Results/vcf/{case}.vcf",
    params:
    log: "logs/{case}.mutect2.log"
    threads: 8
    shell:

rule gatk_IndelRealigner:
    input:
        get_files,
    output:
       "{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bam",
       "{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bai",
    params:
    log:
        "mapped_reads/merged_samples/logs/{case}_indel_realign_2.log"
    threads: 8
    shell:

def get_files(wildcards):
    case = wildcards.case
    control = aCondition[case][0]
    wildcards.control = control
    return ["mapped_reads/merged_samples/{}.sorted.dup.reca.bam".format(case), "mapped_reads/merged_samples/{}.sorted.dup.reca.bam".format(control),"mapped_reads/merged_samples/operation/{}_{}.realign.intervals".format(case,control)]
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1 回答 1

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我不确定我是否真的理解你的问题。例如，我不明白“每个案例都有一个正常”的意思。

但是我可以看到 ( ) 的输出恰好与gatk_IndelRealigner( )的结果之一是"{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bam"相同的文件名。get_files_somatic"{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(case)casewildcards.case

这就是为什么gatk_Mutect2“连接”到gatk_IndelRealigner.

根据输入和输出之间匹配的文件名连接规则是snakemake的本质。

如果您不想将这两个规则链接起来，则需要使用不同的文件名。

于 2017-11-17T10:39:46.800 回答