r - 如何指定在 R 中运行的 MPI 的核心数和节点数

Question

我想使用 MPI 在 HPC 集群上并行运行 R。我了解包snow中的 makeCluster 函数可用于指定节点数。例如：makeCluster(2,type="MPI")表示 2 个节点。如果不将类型指定为“MPI”，则makeCluster(2)意味着单个节点上有 2 个核心。

有没有办法同时指定节点和核心的数量？

如果将类型指定为 MPI，默认情况下每个节点上将使用多少个内核？

Answer 1

据我所知， snowandparallel包并没有暴露这一点——因为它很快就依赖于硬件。

不，如果您的 MPI 实现是 OpenMPI，那么您可以在服务器的 MPI 配置中指定它。有一个非常丰富的语法，该hwloc库应该为您提供硬件位置。

但是最后的 R 只知道“工作节点的数量”，并将方式和方式传递给您选择的特定实现。