linux - 在管道 awk 输出上打印循环输入文件名

Question

我希望在 awk 的每一行上打印 $fname 的以下输出：

for fname in $(ls *.bam | cut -c -9 | uniq)
    do
    echo $fname
    samtools depth  -a "$fname".bam | awk '{sum+=$3} END {print "Average = ", sum/NR}' >> mean.depth
    done

电流输出：

$ less mean.depth  
    Average =  5.40089
    Average =  4.68387

期望的输出：

$ less mean.depth  
    FILENAME1 Average =  5.40089
    FILENAME2 Average =  4.68387

这样输出的平均深度是可追溯的。我已经尝试了 FILENAME 和各种各样的东西，但没有成功。谢谢！

Answer 1

解决方案

改编自这个答案

用 定义 shell 变量 $fname awk -v var=，然后用 打印它END {print var

samtools depth  -a "$fname".bam | awk -v var=$fname '{sum+=$3} END {print var, " = ", sum/NR}' >> mean.depth