r - PCA 改变簇的颜色

Question

我想更改集群的颜色但保持形状。 habillage=iris$Species改变颜色和形状，什么可以只改变颜色？

library("devtools")
install_github("kassambara/factoextra")
library("factoextra")
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)
fviz_pca_ind(iris.pca,  geom="point",  pointsize = 1, habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95)

Answer 1

fviz_pca()像 ggplot 绘图一样工作，因此，对于改变形状，您可以使用 ggplot 的美学映射，例如，改变形状。关于颜色，由 调用的文档?fviz_pca_ind告诉您可以通过palette.

fviz_pca_ind(res.pca,  geom="point",  pointsize = 1, habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95
             , palette = c("green", "orange", "grey") #change colors
             ) + 
             scale_shape_manual(values=c(2, 8, 11)) #change shapes