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我试图遵循 googlegenomics/pipelines-api-examples 中给出的 fastqc 示例。但是，当我尝试使用我的 projectID 和 bucketID 重新生成示例时，出现错误：

| => dsub --project my_project_ID --logging "gs://my_data/test/logging" --disk-size 200 --name "fastqc" --image "us.gcr.io/my_project_ID/fastqc" --output OUTPUT_FILES="gs://my_data/test/out" --input INPUT_BAM="gs://genomics-public-data/ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/technical/pilot3_exon_targetted_GRCh37_bams/data/NA06986 /alignment/NA06986.chrom19.ILLUMINA.bwa.CEU.exon_targetted.20100311.bam" --command 'fastqc ${INPUT_BAM} --outdir=$(dirname ${OUTPUT_FILES})' --wait --zones "us-中央1-*"

用法：目录名路径
回溯（最近一次通话最后）：
  文件“/usr/local/bin/dsub”，第 9 行，在
    load_entry_point('dsub==0.0.0', 'console_scripts', 'dsub')()
  文件“build/bdist.macosx-10.11-intel/egg/dsub/commands/dsub.py”，第 646 行，在 main
  dsub_main 中的文件“build/bdist.macosx-10.11-intel/egg/dsub/commands/dsub.py”，第 636 行
  文件“build/bdist.macosx-10.11-intel/egg/dsub/commands/dsub.py”，第 700 行，在 run_main
  args_to_job_data 中的文件“build/bdist.macosx-10.11-intel/egg/dsub/lib/param_util.py”，第 736 行
  文件“build/bdist.macosx-10.11-intel/egg/dsub/lib/param_util.py”，第 414 行，在 make_param
  parse_uri 中的文件“build/bdist.macosx-10.11-intel/egg/dsub/lib/param_util.py”，第 460 行
  _validate_paths_or_fail 中的文件“build/bdist.macosx-10.11-intel/egg/dsub/lib/param_util.py”，第 397 行

ValueError：路径通配符 (*) 仅支持文件：gs://my_data/test/out“--input INPUT_BAM=gs://genomics-public-data/ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ ftp/technical/pilot3_exon_targetted_GRCh37_bams/data/NA06986/alignment/NA06986.chrom19.ILLUMINA.bwa.CEU.exon_targetted.20100311.bam --command 'fastqc --outdir=' --wait --zones us-central1-*
dsub --project my_project_ID --logging gs://my_data/test/logging --disk-size 200 --name fastqc --image us.gcr.io/my_project_ID/fastqc --output OUTPUT_FILES=gs://my_data/检验出”

我哪里错了？

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问题似乎出在-您使用的命令中--zones "us-central1-*"使用通配符的唯一其他参数。*

使用特定区域，如--zones "us-central1-a"or --zones "us-central1"（参见描述每个区域可用区域的区域图）或完全放弃该参数应该会有所帮助。

于 2017-08-27T22:34:07.410 回答