snakemake - 如何访问snakemake 脚本名称？

Question

有没有办法访问正在使用snakemake 运行的蛇文件的名称？它似乎可以通过解析 sys.argv 来访问，但我想知道是否有一个可用的变量包含这样的环境信息？

Answer 1

在蛇文件中，您可以通过 访问正在使用的蛇文件的完整路径workflow.snakefile。该workflow对象暴露了其他调用信息；print(dir(workflow))您可以通过（在蛇文件中）探索所有属性和方法。

如果您只想要 的文件名Snakefile，可以使用以下命令解析它os.path.basename()：

import os
print(os.path.basename(workflow.snakefile))