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使用snakemake,我有兴趣通过与一组目标重叠来拆分bam文件。然后每个输出文件将被命名为{sample}_{target}.bam. 目标集由每个样本的床文件定义。我想使用以下规则设置来做到这一点:

rule break_bam:
    input:
        lambda wildcards: config['Samples'][wildcards.sample]['input_bam']
    output:
        expand("{{sample}}_{target}.bam",target=get_targets(config['Samples][wildcards.sample]['bed_file']))
    run:
        shell(" break_bam {input} ")

在我的示例中,“get_targets”是一个从床文件中提取名称列的函数。

问:在设置规则输出时,我尝试了许多不同的方法来访问通配符可访问的路径,但我还没有让它工作。当前是否存在以这种方式动态访问配置文件的方法?

谢谢你的帮助!

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