使用snakemake，我有兴趣通过与一组目标重叠来拆分bam文件。然后每个输出文件将被命名为{sample}_{target}.bam. 目标集由每个样本的床文件定义。我想使用以下规则设置来做到这一点：
rule break_bam:
input:
lambda wildcards: config['Samples'][wildcards.sample]['input_bam']
output:
expand("{{sample}}_{target}.bam",target=get_targets(config['Samples][wildcards.sample]['bed_file']))
run:
shell(" break_bam {input} ")
在我的示例中，“get_targets”是一个从床文件中提取名称列的函数。
问：在设置规则输出时，我尝试了许多不同的方法来访问通配符可访问的路径，但我还没有让它工作。当前是否存在以这种方式动态访问配置文件的方法？
谢谢你的帮助！